Illumina MaizeSNP50 BeadChip

https://www.illumina.com/documents/products/datasheets/datasheet_maize_snp50.pdf

玉米SNP50芯片，实现对玉米遗传变异最全面的检测
MaizeSNP50 BeadChip 亮点
• 无与伦比的呼叫率和准确性
平均呼叫率超过99%，重复性为99.99%。
• 全面且均匀的覆盖
利用超过55,000个均匀分布的标记，实现全基因组覆盖。
• 简单的工作流程
采用无需PCR的Infinium® HD检测技术，操作简便。
• 高通量格式
最多可并行检测24个样本。

引言

玉米（Zea mays L. ssp. mays）是由中美洲的草本植物——野生玉米（teosinte）驯化而来的，驯化过程大约持续了1万年。玉米是研究基因遗传和功能的基础研究中的重要模式生物，同时也是重要的农作物。2008年，美国的玉米种植面积约为8600万英亩，收获了120亿蒲式耳的谷物，价值达到470亿美元。

玉米基因组经历了多轮基因组复制。其10条染色体在结构上具有多样性，并且染色质组成经历了动态变化。在过去三百万年中，玉米基因组的大小通过长末端重复序列（LTR）逆转座子的增殖而显著扩张，达到了23亿个碱基对。
玉米在表型和遗传多样性方面表现出极高的水平。有研究表明，玉米品系之间的多样性甚至超过了人类与黑猩猩之间的多样性。2009年，研究人员完成了B73玉米品系23亿个碱基对基因组的改进版草图。该组装序列被用于与其他关键玉米品系的序列数据进行比较。通过这些努力，已鉴定出超过一百万个单核苷酸多态性（SNPs）。
MaizeSNP50基因分型芯片包含56,110个来自B73参考序列的标记（见图1）。Illumina公司与TraitGenetics、法国国家农业研究院（INRA）以及先正达公司合作开发了该芯片。该芯片具有高度多态性的SNP含量，并提供均匀的全基因组覆盖（见图2），能够对玉米的遗传变异进行检测。重要的是，该芯片平均每兆碱基（Mb）有超过25个标记，为全基因组基因分型研究提供了足够的SNP密度。此外，MaizeSNP50标记集能够用于遗传作图和标记辅助育种。这些研究将有助于在全球气候变化的时代满足世界对食品、饲料、能源和工业原料日益增长的需求。

图片：MaizeSNP50基因分型芯片在玉米全基因组范围内分布有超过55,000个均匀间隔的单核苷酸多态性（SNPs）。

Illumina的专有检测技术、无限制的位点选择以及高通量格式的结合，为玉米的农业基因组学研究提供了最全面的解决方案。

SNP选择策略

MaizeSNP50 BeadChip上的SNP内容是从多个公共和私人来源中筛选而来的。SNP选择的考虑因素包括基因代表性、优化的物理间距以及对多个已知品系的多样性鉴定。这种内容选择策略为玉米的遗传作图提供了可靠的保障，这通过在30多个多样化品系中的成功验证得到了证明（见表1）。
表1：用于评估MaizeSNP50 BeadChip的品系多样性

品系	DNA样本数量	呼叫率 (%)	杂合率 (%)
B73	3	99.40	-
Mo17	3	97.37	-
B73xMo17	3	97.34	-
25 DL*	25	96.34	-
NAM F1s†	25	97.61	-
IBMs‡	94	97.59	-
PVPs§	96	95.35	-
Teosinte	6	91.67	-
TeoNIL F1	6	88.10	-
LHRE¶	94	95.08	-
总计	489	95.65	-

*注释：

• DL = 多样性品系
  † NAM = 嵌套关联作图群体
  ‡ IBM = B73 x Mo17中间作图群体
  § PVP = 植物品种保护法（Plant Variety Protection Act）
  ¶ LHRE = 高重组欧洲品系*

高质量数据

MaizeSNP50 BeadChip依托经过验证的Infinium HD Assay技术，提供行业内最高的呼叫率和灵活的内容设计。MaizeSNP50上的SNP经过多条品系的严格功能测试，以确保出色的性能表现。由于玉米基因组的多样性，某些序列并非在所有品系中都存在。这可能导致与B73参考基因组差异较大的品系的呼叫频率较低。产品中大约4,000个标记在B73样本上表现良好，但在与B73差异较大的样本上表现欠佳。这些标记已被识别并记录在注释文件中。同样，大约500个标记在B73衍生样本上表现不佳，但在其他样本上表现良好。

Illumina对MaizeSNP50 BeadChip的内部验证结果如表2所示。对于代表B73参考基因组的样本，56,110个标记的呼叫率为99.40%，具有高重复性和低孟德尔不一致性率。在涵盖30多个多样化玉米品系的489个样本中，呼叫率为95.65%。九个重复样本的重复性超过99.9%，43个自交杂交样本的孟德尔不一致性率为0.16%。

图2展示了MaizeSNP50 BeadChip标记的分布情况。超过50%的标记与相邻标记的距离在10,000个核苷酸以内。小于5%的物理间隔大于200 kb。凭借超过55,000个标记，平均间距为每40 kb一个标记。

用于验证MaizeSNP50 BeadChip标记的多样性品系的呼叫率和杂合率如表1所示。三个B73参考样本的平均呼叫率超过99%，而六个野生玉米（Teosinte）祖先样本的平均呼叫率为91%。评估的样本包括一个包含25个高度多样化自交系的小组，以及它们与B73的杂交组合。重要的是，B73与Mo17的自交组合在小组中包含的标记中，超过50%的标记表现为杂合。用于标记验证的样本还包括欧洲和北美作图群体，以及植物品种保护法（PVP）小组。

Illumina的基因分型解决方案

MaizeSNP50 BeadChip的高质量数据和低单样本成本是强大的Illumina全基因组基因分型解决方案的一部分。此外，可选的自动化和实验室信息管理系统（LIMS）通过消除手动处理相关的错误来降低成本。Illumina的基因分型产品可以通过Illumina FastTrack基因分型服务或任何Illumina CSPro®服务获取。Illumina的解决方案在准确性、灵活性和经济性方面处于行业领先水平。如需了解更多关于Illumina基因分型解决方案的信息，请访问www.illumina.com/maizeSNP50。