gwas snp 和_新的高密度玉米SNP芯片可用于基因组选择、GWAS和群体遗传学

2014年10月7日

作者：Justin Petrone

一个研究小组已经开发出一款高密度的SNP基因分型芯片，可用于玉米的基因分型。此款芯片上带有超过60万个标记，是为农作物研究人员而开发的首款芯片，为多种应用提供了一种全新的工具，包括基因组选择、全基因组关联研究、群体遗传学和精细定位。

由Affymetrix制造的SNP芯片，名为Axiom Maize Genotyping Array，出现在《BMC Genomics》杂志上的一篇新文章中。

这篇文章的通讯作者Eva Bauer告诉《BioArray News》，此款芯片是通过Synbreed计划来设计的，Synbreed是个关注植物和动物育种的研究计划，由德国联邦教育与研究部资助。Synbreed是通过慕尼黑工业大学的生命与食品科学中心来协调设计计划，而Bauer正是其中的一名科学家。

据Bauer介绍，Synbreed的科学家着手开发一款高密度的玉米基因分型芯片，是因为他们一方面受到牲畜物种(如牛和鸡)高密度芯片成果的鼓舞，同时不满意现有的玉米基因分型方法。

“我们利用其他方法研究了很长时间，但我们目睹了动物高密度芯片的成功，从而认为它们也适合研究玉米，玉米这个物种也是高度多样的，有着低水平的连锁不平衡，”Bauer谈道。

Bauer指出，目前市场上的工具并不总能满足Synbreed研究人员在某些研究问题上的需求。据研究人员介绍，Illumina的MaizeSNP50 BeadChip芯片是仅有的另一款适用于玉米基因分型的目录芯片，但有着分辨率的问题。考虑到玉米的多样性，研究人员有时无法用MaizeSNP50产生的数据来推断，因为此芯片仅包含了自交系B73基因组的约56,000个标记。