开源的RNA-Seq分析软件Trinity的详细介绍和使用方法_rnaseq 测序 软件(3)

为了做好运维面试路上的助攻手，特整理了上百道 【运维技术栈面试题集锦】 ，让你面试不慌心不跳，高薪offer怀里抱！

这次整理的面试题，小到shell、MySQL，大到K8s等云原生技术栈，不仅适合运维新人入行面试需要，还适用于想提升进阶跳槽加薪的运维朋友。

本份面试集锦涵盖了

• 174 道运维工程师面试题
• 128道k8s面试题
• 108道shell脚本面试题
• 200道Linux面试题
• 51道docker面试题
• 35道Jenkis面试题
• 78道MongoDB面试题
• 17道ansible面试题
• 60道dubbo面试题
• 53道kafka面试
• 18道mysql面试题
• 40道nginx面试题
• 77道redis面试题
• 28道zookeeper

总计 1000+ 道面试题， 内容 又全含金量又高

• 174道运维工程师面试题

1、什么是运维?

2、在工作中，运维人员经常需要跟运营人员打交道，请问运营人员是做什么工作的?

3、现在给你三百台服务器，你怎么对他们进行管理?

4、简述raid0 raid1raid5二种工作模式的工作原理及特点

5、LVS、Nginx、HAproxy有什么区别?工作中你怎么选择?

6、Squid、Varinsh和Nginx有什么区别，工作中你怎么选择?

7、Tomcat和Resin有什么区别，工作中你怎么选择?

8、什么是中间件?什么是jdk?

9、讲述一下Tomcat8005、8009、8080三个端口的含义？

10、什么叫CDN?

11、什么叫网站灰度发布?

12、简述DNS进行域名解析的过程?

13、RabbitMQ是什么东西?

14、讲一下Keepalived的工作原理?

15、讲述一下LVS三种模式的工作过程?

16、mysql的innodb如何定位锁问题，mysql如何减少主从复制延迟?

17、如何重置mysql root密码?

网上学习资料一大堆，但如果学到的知识不成体系，遇到问题时只是浅尝辄止，不再深入研究，那么很难做到真正的技术提升。

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2. 剪接变异检测：Trinity可以检测转录本中的剪接变异。剪接变异是指在同一基因的不同转录本中，由于区域的剪接方式不同而导致的转录本结构的差异。Trinity可以根据reads的比对信息来检测这些剪接变异，并提供相应的注释信息。
3. 表达量估计：Trinity可以估计转录本的表达量。它基于RNA-Seq数据中的reads覆盖信息，计算每个转录本的表达水平。这对于研究基因表达调控机制、寻找差异表达基因等具有重要意义。
4. 转录本注释：通过与已知数据库比对，Trinity可以对转录本进行注释。它可以比对转录本序列到不同的数据库（如基因组、蛋白质序列、功能注释数据库等），以获取转录本的功能和结构信息。
5. 转录本定量差异分析：Trinity可以进行转录本定量差异分析，用于识别在不同条件下表达量有显著差异的转录本。这对于发现与生物学过程和疾病相关的差异表达转录本具有重要意义。

总之，Trinity是一种功能强大的RNA-Seq分析软件，可以进行转录组de novo组装，并提供转录本注释、剪接变异检测、表达量估计和转录本定量差异分析等功能，为研究者在转录组数据的分析中提供了重要的工具。

下载地址：https://github.com/trinityrnaseq/trinityrnaseq/releases/download/Trinity-v2.15.1/trinityrnaseq-v2.15.1.FULL.tar.gz

安装

安装依赖库

首先确保系统中已经安装了必要的依赖包，比如Perl、Java和C编译器（如GCC）等。

# 对于Ubuntu/Debian系系统：
sudo apt-get update
sudo apt-get install -y build-essential zlib1g-dev libbz2-dev liblzma-dev libcurl4-openssl-dev libncurses5-dev Trinity需要的其他依赖

# 对于CentOS/RHEL系统：
sudo yum groupinstall 'Development Tools'
sudo yum install -y perl java-1.8.0-openjdk-devel zlib-devel bzip2 bzip2-devel xz-devel curl-devel ncurses-devel

下载Trinity源代码

访问Trinity官方GitHub仓库或官网下载最新版本的源代码包：

# 例如，从GitHub下载并解压：
wget https://github.com/trinityrnaseq/trinityrnaseq/releases/download/v<version>/Trinity-v<version>.tar.gz
tar -xzvf Trinity-v<version>.tar.gz
cd Trinity-v<version>

请将<version>替换为实际的Trinity版本号。

编译与安装

进入解压后的目录，执行配置脚本和编译命令：

make

Trinity通常不需要特定的make install步骤，因为所有的可执行文件都在当前目录下生成。

设置环境变量（可选）

为了方便使用，可以将Trinity的bin路径添加到系统环境变量PATH中：

# 添加至.bashrc或相应shell配置文件中
echo 'export PATH=$PATH:/path/to/Trinity-v<version>/trinity-plugins/:/path/to/Trinity-v<version>/util/' >> ~/.bashrc
source ~/.bashrc

验证安装

安装完成后，可以通过运行Trinity的帮助信息来验证是否成功安装：

Trinity --help

请注意，上述步骤是基于典型Linux系统的简化指南，具体安装细节可能根据不同的系统环境有所不同。此外，Trinity运行时还需要一些额外的工具和数据库，例如Bowtie/Bowtie2、SAMtools等，也需要按照类似方式安装。如果是在集群环境下运行，还可能需要设置相应的并行计算环境。

使用：

1. 数据准备

• RNA-seq数据通常以FASTQ格式提供，分为两个文件，每条序列的读1和读2分别存储在两个文件中（如果是单端测序则只有一个文件）。确保你的原始测序数据质量良好，并已经进行了质量控制（例如，使用FastQC进行初步评估，用Trimmomatic或类似的工具去除低质量碱基和接头）。

2. 运行Trinity进行转录组组装

• 在命令行下进入包含Trinity可执行文件的目录（如果已将路径添加到环境变量PATH中，则可以在任何地方运行）。
• 创建一个工作目录，并将处理好的FASTQ文件复制到此目录。

mkdir Trinity_workdir
cd Trinity_workdir
cp /path/to/your/*.fastq.gz .

最后的话

最近很多小伙伴找我要Linux学习资料，于是我翻箱倒柜，整理了一些优质资源，涵盖视频、电子书、PPT等共享给大家！

资料预览

给大家整理的视频资料：

给大家整理的电子书资料：

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