这篇文章探讨了染色质的3D结构在基因或蛋白质功能调控中的重要作用。研究利用Hi-C等高通量染色质构象捕获技术获取基因组位点间的接触频率，并提出了一种名为ShNeigh的方法，结合传统的多维尺度（MDS）技术和邻近位点的局部依赖关系，从嘈杂和不完整的接触频率矩阵中推断最佳的3D结构。研究通过模拟数据和人类GM06990细胞系的实验数据验证了ShNeigh的优越性，表明其在高噪音和稀疏信号情况下能够恢复稳定的结构，并在使用不同限制酶获取的Hi-C数据中具有更高的可复制性和鲁棒性。ShNeigh方法提供了增强染色质3D结构重建质量的新方向。
该研究展示了不同重建方法在模拟数据和实验数据上的性能比较，证明了ShNeigh相较于其他方法具有更好的稳健性和准确性，并且能够更好地处理噪音和稀疏信号。这对于深入理解染色质3D结构的重建具有重要意义，为在不同生物实验条件下提高结构恢复质量提供了新的方向。
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