生信研究：类风湿关节炎

研究背景:
对类风湿关节炎（RA）患者和模拟TNF驱动关节炎的小鼠的滑膜成纤维细胞（SFs）进行单细胞多模态分析，揭示了SFs的家族性和疾病特异性亚群，以及调节这些病态细胞诱导的分子途径。

研究方法和结果:
通过SCENIC算法识别出七个家庭性和两个疾病特异性的SF亚群。在健康滑膜中，SFs主要用于软骨和骨发生、组织修复和免疫监视。关节炎的发展导致家庭性SFs的减少，并有利于病态SF配置的出现。通过比较健康和hTNFtg小鼠的SFs，揭示了SFs在从健康到关节炎的过程中的动态变化，为理解关节病生理学提供了功能基因组蓝图，并突出了针对慢性炎症和破坏性关节炎疾病的治疗靶点。

结论:
揭示了SFs从健康到关节炎的动态景观，提供了理解关节病理生理学的功能基因组图谱，并突出了针对慢性炎症和破坏性关节炎疾病的纤维细胞为导向的治疗靶点。

这项研究采用单细胞转录组学和表观基因组学的结合分析，探讨了健康到早期炎症和后续破坏性滑膜组织疾病的分子开关。研究结果揭示了早期出现和后续扩大的不同病理性SF亚型的特异激活途径和调节网络，从一个祖细胞状态开始，显现出在正常的亚表滑膜中被抑制的差异。这些变化观察到的SF转录组与染色质可及性的改变高度相关，细胞轨迹推断指向在hTNFtg疾病进展过程中特定时间和位置推动病理细胞配置扩展的关键转录因子（TFs）和靶基因。最后，将我们的小鼠数据与人类RA数据对齐，揭示出高度保守的核心调节转录程序。