【实用教程】小白都能看懂的autodock分子对接及可视化

最新推荐文章于 2025-02-13 00:19:17 发布

生信康师傅

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分类专栏：分子对接文章标签：笔记经验分享

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可有可无的摘要

还在为导师布置的刁钻任务发愁？

还在为自己的蛋白质找不到对象（配体）焦虑？

还在为...好吧编不下去了

本文旨在帮助大多数在搜索引擎中苦寻分子对接教程，却因难度过高被劝退的科研小白（是的，就是你），本教程简洁无废话（废话）。全程截图干货，跟着本教程一步步操作，保证你做出好看的分子对接图片，给你导师一份满意的答卷，做不出来你打我！

以下是目录：

pubchem数据库下载小分子结构SDF文件

话不多说直接进入教程

软件安装

#autodock安装

Download AutoDock4 – AutoDock

#MGLTools安装（安装前需要创建文件夹）

Downloads – mgltools

#Anaconda安装（安装前需要创建文件夹）

Download Anaconda Distribution | Anaconda


#pymol开源版安装

#需要在anaconda命令行中安装
conda install conda-forge::pymol-open-source

#openbabel的安装
conda install openbabel -c conda-forge

配置工作目录

#将Autodock4.2.6安装目录下的autodock4.exe、autogrid4.exe以及mgltools安装目录下的adt.bat复制到一个新的目录下，新目录命名为Autodock（这里我的工作目录为D:\00workdata\Autodock）（工作目录路径中不要有英文

#打开autodocktools，设置工作目录路径

文件准备

pubchem数据库下载小分子结构SDF文件

PubChem

PDB数据库下载蛋白质结构

#在PDB网站找到所需的蛋白编号（例如酯酶D为3FCX)

RCSB PDB: Homepage

#打开pymol，输入fetch 3FCX，按回车自动下载蛋白3D结构。

#去除水分子，如下图所示，点蛋白编号前面的A，选择去除水分子。点击左上角File-Export Molecule，导出生成PDB文件。命名为ESD.pdb

蛋白质文件前处理

#蛋白质结构加氢

#autodocktools打开蛋白质pdb文件，点击Edit-Hydrogens-Add

#将蛋白质选为受体

#点击Grid-Macromolecule-Choose，点击蛋白质名称，点击蛋白质名称，点击Select Molecule，根据提示操作保存为ESD.pdbqt

小分子文件前处理

#pymol打开小分子sdf文件，导出为pdb格式

#小分子文件加氢

#autodocktools打开小分子pdb文件，点击Edit-Hydrogens-Add

#选择小分子为配体

#点击Ligand-Input-Choose，点击小分子名称，点击Select Molecule for Autodock4，点击Ligand-Output-Save as PDBQT，保存为pdbqt文件

进行autogrid

导入配体和受体文件

#点击Grid-Macromolecule-Open，选择蛋白质pdbqt文件

#点击Grid-Set Map Types-Open Ligand，选择小分子pdbqt文件

设置gridbox

#点击Grid-Grid box，调节gridbox大小，使得其完全覆盖蛋白质分子，但不包含小分子

#如果确实无法做到不包含小分子结构，点击DejaVu GUI，取消勾选小分子文件的“mouse tranforms apply to "root" object only"选项，将小分子用鼠标右键拖拽出gridbox，再重新勾选该选项即可

#调试好gridbox后，选择File-Close saving current即可

#导出为GPF

#点击Grid-Output-Save GPF，注意这里保存文件需要手动命名，带.gpf后缀，这里命名为grid.gpf

运行autogrid

#点击Run-Run Autogrid，注意工作目录是否正确，导入刚才保存的grid.gpf文件，点击Launch，即开始运行Autogrid，约5min

#运行结束后可以看见工作目录下多了很多map文件

进行autodock

设置计算参数

#点击Docking-Macromolecule-Set Rigid Filename，选中蛋白质的pdbqt文件

#点击Docking-Ligand-Choose，选中小分子，点击Select Ligand

#接下来的Search Parameters-Geneitc Algorithm和Docking Parameters，点击Accept选择默认参数即可

#导出设置

#点击Docking-Output-Lamarckian GA，导出为dock.dpf（此文件同样需要手动命名，如上）

运行autodock

#点击Run-Run AutoDock，同样检查工作目录是否正确，上传刚才保存的dock.dpf，点击Launch，运行autodock，约10min

#对接完成后，查看对接结果

#删去所有分子，点击Edit-Delete-Delete All Molecules

#点击Analyze-Dockings-Open，打开后缀为.dlg的结果文件

#点击Analyze-Macromolecule-Open打开分子结构

#点击Analyze-Conformations-Play ranked bu enegy，可按照结合自由能从最小到最大顺序观看结合状态（默认模拟对接10次）

#另外，直接用记事本打开.dlg文件也可以直接看到所有对接结果的结合自由能

导出对接结果

#点击Set Play Options-Whie Complex导出选中的对接状态为pdbqt文件，这里我导出为ESD-Dolutegravir.pdbqt

可视化

#pymol不能直接打开pdbqt文件，所以要先将其转化为pdb文件

#在Anaconda Prompt打开openbabel，输入obabel -H打开帮助页面

#可以看到，openbabel命令格式为obabel[-i<input-type>] <infilename> [-o<output-type>] -O<outfilename> [Options]

#将命令中的文件和路径替换为我们的文件和路径即可

#因此，输入obabel -ipdbqt D:\00workdata\Autodock\ESD-Dolutegravir.pdbqt -opdb -O D:\00workdata\Autodock\ESD-Dolutegravir.pdb

#接下来打开pymol操作

#在pymol中打开刚才得到的pdb文件，点击右下角S打开序列，选中小分子序列，命名为ligand。

#同样选中蛋白质序列，先将右下角Selecing选为Chains，然后才能悬着呢全部蛋白质序列（如果是多聚体蛋白，按住shift以连续选中多条链），命名为protein

#点击蛋白和小分子后的C按钮可以修改颜色

#选中小分子，按以下顺序点击以显示结合位点的氢键

#选中蛋白，点击show-sticks显示氨基酸棍状结构，右下角Selecting修改为Residues模式，选中与小分子连接的氨基酸残基，命名为A，并更改颜色

#点击蛋白，点击H-sicks隐藏蛋白棍状结构，然后显示小分子结合位点氨基酸残基棍状结构

#此时展示分子对接的基本要素已经形成，后续可根据需要修改背景颜色、显示氨基酸残基名字以及氢键键能等等，这里不再赘述

#修改好后就可以导出了，点击右上角Draw，选择合适的格式导出即可

结果演示

参考链接

https://www.bilibili.com/video/BV1Yr4y1T7Ko

https://www.bilibili.com/video/BV1M94y1k7aL