【生信操作】使用 AutoDock 软件做蛋白质对接小分子 (基础版)

已于 2024-11-05 17:08:59 修改
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分类专栏： 计算生物学 文章标签： 学习方法
于 2024-11-04 11:01:42 首次发布
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AutoDock 分子对接

一、对接前的准备工作

  1. 打开 AutoDockTools 软件，设置默认工作目录

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将工作目录复制到红色框中，然后点击 Set 完成设置

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  1. 准备蛋白质受体文件

读入蛋白质受体文件

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为受体蛋白加氢

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点击 Add Hydrogens 框中 OK 键

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计算加氢后受体蛋白的总电荷

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将受体蛋白中原子设置为 AD4 格式

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导出 PDBQT 格式的文件

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点击 Write Options 框中 OK 键

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鼠标选中左侧受体蛋白，右键选择 Delete 删除

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  1. 准备小分子配体文件

读入小分子配体文件

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为受体小分子加氢

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点击 Add Hydrogens 框中 OK 键

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配置为配体

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点击 Choose Melecule for Auto… 框中 Select Molecule for AutoDock4 键

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检测配体小分子可旋转键的 root

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调整/自定义配体可扭转键

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点击 Torsion Count 框中的 Done 键

注意：shift 加左键点击绿色的键，颜色变紫则表示此键已设定为不可旋转。紫色键通常是双键或肽键等不可扭转的键，红色键通常表示芳香键

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导出 PDBQT 格式的文件

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鼠标选中左侧配体小分子，右键选择 Delete 删除

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二、AutoGrid

  1. 打开受体蛋白 PDBQT 文件

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注意：下图打开后所有弹出的窗口点击 yes/确定

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  1. 打开配体小分子 PDBQT 文件

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  1. 设置盒子信息

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在 Grid Options 窗口中可以通过调整红圈内的数字来改变盒子的位置和大小，还可以通过 View 选项设置盒子为线型

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  1. 保存盒子信息

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  1. 输出 GPF 文件

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  1. 运行 AutoGrid 程序

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选择 autogrid.exe 程序和 g.gpf 文件所在的目录，然后点击 Launch 键

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程序运行完成后，工作目录下会出现相应的 g.glg 文件

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三、AutoDock

  1. 打开受体蛋白 PDBQT 文件

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注意：此步骤完成后界面不会出现变化，但是程序已经加载完毕，不用进行多余点击

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  1. 打开配体小分子 PDBQT 文件

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点击 Accept 键

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  1. 设置 Docking 算法

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设置对接次数为500次，点击 Accept 键

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  1. 设置 Docking 对接参数

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使用默认参数即可，点击 Accept 键

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  1. 输出 DPF 文件

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  1. 运行 AutoDock 程序

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选择 autodock.exe 程序和 d.dpf 文件所在的目录，然后点击 Launch 键

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程序运行完成后，工作目录下生成 d.dlg 文件

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四、查看对接结果

  1. 打开 d.dlg 文件

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  1. 打开受体蛋白文件

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  1. 导入盒子信息

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  1. 查看对接结果复合物的构象

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点击下图中数字1上方的按钮

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勾选 Show Info

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  1. 查看对接聚类结果

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显示聚类柱状图

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  1. 导出复合物结构

点击 Set Play Options 框中的 Write Complex 键来导出当前选中的复合物构象

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至此，AutoDock 分子对接 (基础版) 教学已全部完成！

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