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RSS订阅原创 RNA-seq入门实战（一）遇到的问题
1.运行00_prefetch.sh 后，文章显示文件结构应该是这样的：实际上我的是这样的：2.01_sra2fq_qc1.sh 中找不到fasterq-dump命令，使用$（which fastq-dump）则找得到fastq-dump命令
2022-06-23 09:32:30
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原创 RNA-seq入门实战（零）中conda软件镜像源报错原因
使用该段代码出现报错：CondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED for url改了两个地方：1、镜像地址应该加上"win-64"随便登进去网址看，发现还新增了系统选择，我用的是linux系统，故在网址后面加上/linux-64比如：2、把https：//改成http：//，即去掉s==》顺利运行注：配置环境真是玄学啊。。。...
2022-06-23 00:05:40
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原创 AutoDock Vina批量分子对接|Linux系统+Windows系统|R语言+Bash+Python|22.6.17更新
本文是关于一个受体与多个配体的分子对接批处理。由于作者本人也是赶鸭子上架，写出来的脚本比较简单，请见谅。此外，由于对某个语言某个包的喜爱与使用，作者用到的编程工具比较杂，但是可以作为思路参考。当然，如果您具备条件，也可以选择复刻，本文章的代码都被跑过，请根据自己需要修改参数（内含中文不能直接跑）与编程。.........
2022-06-17 08:56:25
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原创 UCSF Chimera分子对接（autodock vina插件）结果可视化流程|5.18更新完毕
一.程序下载官网http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/https://vina.scripps.edu/分别下载好UCSF Chimera和autodock vina二.引入蛋白安装好后打开Chimera1.16open打开本地文件（从PDB下载的pdb格式文件）fetch ID by 在线下载所需蛋白，这里下载的是1MOH操作：ctrl 选中左键旋转中滚轮放大缩小3.PresetsInteractive 1 带Inter
2022-05-18 11:56:26
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原创 spss-多元线性回归分析
简介多元线性回归方程是一个主要用来探讨一个因变量（Ｙ）与多个自变量（X1，X2…Xn）之间函数线性关系的方法。其表达式为：应用条件：原则上要求因变量是连续型变量，其预测值与实际观测值的差值（模型中的e）服从正态分布，并且在不同的X取值上方差相同，另外，要求因变量的观测值相互独立（如年龄、饮酒年限、高血压与年龄的关系就不独立），不独立会导致多重共线性，影响参数估计。1.自变量与因变量之间具有线性关系2.各例观测值Yi（i=1，2,…n）相互独立3.残差e服从均数为0，方差为σ^2的正态分布，它
2022-05-11 15:17:09
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原创 string+cytoscape 构建PPI蛋白互作网络
string网站：https://cn.string-db.org/cgi/input.plgenemania网站也可查看PPI：http://genemania.org/选multiple protein分行输入基因名（ by Names / Identifiers ）setting设置，exports输出下载 as tabular text output 输出的文件（tsv）cytoscape的用法https://www.bilibili.com/video/BV1m34y1o7dK?s
2022-05-06 19:04:38
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原创 结合clusterProfiler进行GO富集分析可视化
org.Hs.eg.db进行基因id转换clusterProfiler进行GO可视化#GO可视化BiocManager::install("clusterProfiler")BiocManager::install("org.Hs.eg.db")if (!require("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager")BiocManager::install("org.Hs.eg.db",force = TRUE
2022-05-01 19:13:08
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原创 TCGA差异表达分析|2022.5.1更新
一、加载对应的R包这里用到五个包：library("TCGAbiolinks")library("plyr")library("limma")library("biomaRt")library("SummarizedExperiment")光下载都费了不少功夫www，下面把install代码放出来(｡･∀･)ﾉﾞ直接install.packages()日常失败我就不说了#plyr下载 唯一可以直接install的包啊哈哈install.packages("plyr")#tccgbio
2022-04-18 17:23:44
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原创 数据流图（DFD）的概念
数据流图（DFD）是描述数据流程的图形工具，数据流图从数据传递和加工的角度，以图形的方式刻画数据流从输入到输出的移动变换过程。数据流图是系统逻辑模型的图形表示，从数据的传递与加工角度，来刻画数据流从输入到输出的移动变化过程，直接支持系统的功能建模。下面放出一张实例：一般来说，数据流图由以下图形构成：数据流图 - Yourdon / DeMarco符号的英文名可能更容易理解：数据流程图包括：a．指明数据存在的数据符号，这些数据符号也可指明该数据所使用的媒体；b．指明对数据执行的处理的处理符号
2022-03-13 17:03:15
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原创 7-3 逆序的三位数 (10 分)
7-3 逆序的三位数 (10 分)程序每次读入一个正3位数，然后输出按位逆序的数字。注意：当输入的数字含有结尾的0时，输出不应带有前导的0。比如输入700，输出应该是7。输入格式：每个测试是一个3位的正整数。输出格式：输出按位逆序的数。输入样例：123输出样例：321┗|｀O′|┛ 嗷~~还是过不了什么鬼啦！！这次学到了：[PTA报错]warning: ignoring return value of ‘scanf’, declared with attribute warn_un
2021-06-08 23:16:23
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原创 7-1 厘米换算英尺英寸 (15分）
7-1 厘米换算英尺英寸 (15 分)如果已知英制长度的英尺foot和英寸inch的值，那么对应的米是(foot+inch/12)×0.3048。现在，如果用户输入的是厘米数，那么对应英制长度的英尺和英寸是多少呢？别忘了1英尺等于12英寸。输入格式：输入在一行中给出1个正整数，单位是厘米。输出格式：在一行中输出这个厘米数对应英制长度的英尺和英寸的整数值，中间用空格分开。输入样例：170输出样例：5 61这是一道单位换算题，虽然第一眼看上去很简单，但是。。。首先是太久没写过了已经忘
2021-06-08 22:22:22
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原创 6-11 求自定类型元素序列的中位数 (25分)
本题要求实现一个函数，求N个集合元素A[]的中位数，即序列中第⌊(N+1)/2⌋大的元素。其中集合元素的类型为自定义的ElementType。函数接口定义： ElementType Median( ElementType A[], int N );其中给定集合元素存放在数组A[]中，正整数N是数组元素个数。该函数须返回N个A[]元素的中位数，其值也必须是ElementType类型。裁判测试程序样例：#include <stdio.h>#define MAXN 10typedef.
2020-10-27 16:40:30
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原创 6-13 折半查找 (15分)
语言要求使用C++，然后发现用c语言的格式也可以过，嗯~ o(￣▽￣)o这大概就是兼容吧折半查找还是很套路的，大概就是定义好mid，low，high三个变量，设定一个while循环，让它们不断缩小范围。一开始的high设定下标应该是length-1，不过测试的时候写的length也通过了。不过既然是位置嘛，下标还是要减一下的。给一个严格递增数列，函数int Search_Bin(SSTable T, KeyType k)用来二分地查找k在数列中的位置。函数接口定义： int Search_Bi.
2020-10-21 16:37:48
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原创 6-12 判断奇偶性 (10分)
6-12 判断奇偶性 (10分)本题要求实现判断给定整数奇偶性的函数。函数接口定义：int even( int n );其中n是用户传入的整型参数。当n为偶数时，函数返回1；n为奇数时返回0。注意：0是偶数。裁判测试程序样例：#include <stdio.h>int even( int n );int main(){int n;scanf("%d", &n);if (even(n)) printf("%d is even.\n", n);else
2020-09-30 11:20:03
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原创 6-9 统计个位数字 (15分)
本题要求实现一个函数，可统计任一整数中某个位数出现的次数。例如-21252中，2出现了3次，则该函数应该返回3。函数接口定义：int Count_Digit ( const int N, const int D );其中N和D都是用户传入的参数。N的值不超过int的范围；D是[0, 9]区间内的个位数。函数须返回N中D出现的次数。裁判测试程序样例：#include <stdio.h>int Count_Digit ( const int N, const int D );int m
2020-09-30 10:14:03
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原创 6-7 统计某类完全平方数 (20分)
本题要求实现一个函数，判断任一给定整数N是否满足条件：它是完全平方数，又至少有两位数字相同，如144、676等。函数接口定义：int IsTheNumber ( const int N );其中N是用户传入的参数。如果N满足条件，则该函数必须返回1，否则返回0。裁判测试程序样例：#include <stdio.h>#include <math.h>int IsTheNumber ( const int N );int main(){int n1, n2, i, c
2020-09-29 22:06:20
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原创 7-17 爬动的蠕虫
一条蠕虫长1寸，在一口深为N寸的井的底部。已知蠕虫每1分钟可以向上爬U寸，但必须休息1分钟才能接着往上爬。在休息的过程中，蠕虫又下滑了D寸。就这样，上爬和下滑重复进行。请问，蠕虫需要多长时间才能爬出井？这里要求不足1分钟按1分钟计，并且假定只要在某次上爬过程中蠕虫的头部到达了井的顶部，那么蠕虫就完成任务了。初始时，蠕虫是趴在井底的（即高度为0）。样例：输入 12 3 1输出 11#inc...
2020-04-18 09:01:34
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原创 7-15 计算圆周率
学了翁恺老师《C语言程序设计》第八周了，来PTA做点习题练习题目是：用圆周率的关系式，求圆周率的值，直到最后一项的值小于给定阈值。2π=1+31+3×52!+3×5×73!+⋯+3×5×7×⋯×(2n+1)n!+⋯输入格式：输入在一行中给出小于1的阈值。输出格式：在一行中输出满足阈值条件的近似圆周率，输出到小数点后6位。一开始写出来...
2020-04-17 16:49:12
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空空如也
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