【学习笔记】AlphaFold3简单评测

最新推荐文章于 2025-03-27 14:51:53 发布

生信康师傅

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分类专栏：分子对接文章标签：学习笔记

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操作过程

AlphaFold3网址为https://alphafoldserver.com/

#该网页在国内无法访问，需要自行学会国外旅（fan）游（qiang）和创建谷歌账号

登陆账号后，点击Server，即可进入工作界面。目前（2024.9.18）该服务器还是云服务方式预测蛋白互作，每个账号每天有20次工作上限

操作方式超级简单，输入需要互作的分子序列、类型、拷贝数等等，点击开始预测即可

查找蛋白质数据库有多种方法:

#NCBI旗下的Gene数据库：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene

#uniprot数据库：https://www.uniprot.org/

#PDB数据库：https://www.rcsb.org/

查找方法这里不做展开，具体方法可以看我上一篇文章：【实用教程】小白都能看懂的autodock分子对接及可视化_autodock最简单的-CSDN博客

我们以ESD蛋白和FKBP3蛋白的互作为例，输入两个蛋白的序列，点击开始预测

预测完成，结果如下：

alphafold3对于每次作业都会返回5个预测，排名靠前的预测显示在结果页面上，所有样本及其关联的置信度都可以通过 Download 按钮以 zip 文件的形式下载。

对于网页展示的结果，颜色代表置信度高低，至于ipTM和pTM的含义，官方是这么解释的：

pTM 和 ipTM 分数：预测模板建模（pTM）分数和界面预测模板建模（ipTM）分数都来自称为模板建模（TM）分数的度量。这衡量了整个结构的准确性。pTM 评分高于 0.5 意味着复合物的总体预测折叠可能与真实结构相似。ipTM 测量复合物内亚基的预测相对位置的准确性。高于 0.8 的值表示有置信度的高质量预测，而低于 0.6 的值表示预测可能失败。介于 0.6 和 0.8 之间的 ipTM 值是一个灰色区域，预测可能是正确的，也可能是错误的。TM 分数对于小结构或短链非常严格，因此当涉及的标记数少于 20 个时，pTM 分配的值小于 0.05;对于这些情况，PAE 或 pLDDT 可能更能指示预测质量。

对于右侧的PAE图，则以蛋白质氨基酸序列为坐标，显示了蛋白质序列角度上模型的置信度

PAE的解释如下：

PAE （predicted aligned error）：预测结构中两个标记之间的相对位置和方向误差的估计值。值越高，预测误差越高，因此置信度较低。对于蛋白质和核酸，PAE 评分与 AlphaFold2 基本相同，其中误差是相对于由蛋白质骨架构建的框架测量的。对于小分子和翻译后修饰，从参考构象异构体中最近的邻位为每个原子构建一个框架。

这里再补一个pLDDT的解释：

pLDDT：0-100 范围内的每原子置信度估计值，其中值越高表示置信度越高。pLDDT 旨在预测仅考虑与聚合物的距离的修改后的 LDDT 评分。对于蛋白质，这类似于 lDDT-Cα 指标，但粒度更大，因为它可以随原子变化，而不仅仅是每个残基。对于配体原子，修饰的 LDDT 仅考虑配体原子和聚合物之间的误差，而不考虑其他配体原子之间的误差，而对于 DNA/RNA，修饰的 LDDT 使用更宽的 30A 半径而不是 15A。pLDDT 在结构图像中显示为颜色输出，使用与 AFDB 中相同的值进行颜色映射。

#对于这些置信度指标更详细的说明，请自行参阅以下链接

https://www.nature.com/articles/s41586-024-07487-w

https://www.ebi.ac.uk/training/online/courses/alphafold/inputs-and-outputs/evaluating-alphafolds-predicted-structures-using-confidence-scores/

根据以上信息来看，我们预测的互作结果和真实结构还算相近。但是关于ESD的结构与PDB在线工具提供的结构还是有所不同（后者是X射线衍射法扫描的结果），ESD的在自然状态下的实际结构应该是二聚体，不过alphaflod3也没有给我这个选项是不是，那就没办法咯

把结果下载一下，CIF文件就是预测的结构模型了