附件:Easyseq源码（[1]match）

#!/Perl/bin/perl
use Bio::SeqIO;
use Bio::Seq;
use Tie::File;
use Cwd;
    $location_dir=getcwd;
    $location_dir=~s/\//\\/;
    @file = glob("$location_dir\\*.filter");
    foreach $file(@file){
    open(DATA,"<$file") or die "Can't open $file";
    @list = <DATA>;
    foreach $list (@list){
    @list_elm=split(" ",$list);
    $pairs=1;
     if($list_elm[0]=~/primer_pairs_count/){
     $primer_pairs_count=$list_elm[1];
    }
    while($pairs<$primer_pairs_count+1){
      if($list_elm[0]=~/F_$pairs/){
          $ORFF[$pairs]=$list_elm[1];
          print "F_$pairs : $ORFF[$pairs]\n";
      }
      if($list_elm[0]=~/P_$pairs/){
          $ORFP[$pairs]=$list_elm[1];
          print "P_$pairs : $ORFP[$pairs]\n";
      }
      if($list_elm[0]=~/R_$pairs/){
          $rev_seq= reverse ($list_elm[1]);
          $rev_seq=~tr/[ATCGatcg]/[TAGCtagc]/;
          $ORFR[$pairs]=$rev_seq;
          print "R_$pairs : $ORFR[$pairs]\n";
      }
      $pairs=$pairs+1;
    }
    if($list_elm[0]=~/Seq_N/){
      $Seq_N=$list_elm[1];
    }
    if($list_elm[0]=~/Seq_min_length/){
      $Seq_min_length=$list_elm[1];
    }
    if($list_elm[0]=~/Seq_max_length/){
      $Seq_max_length=$list_elm[1];
    }
    if($list_elm[0]=~/Species_names/){
      shift @list_elm;
      @Species_names=@list_elm;
    }
    if($list_elm[0]=~/Merger_acquisition_bases/){
      shift @list_elm;
      @Merger_acquisition_bases=@list_elm;
    } 
    }
    close DATA;
    }

    $location_dir=getcwd;
    $location_dir=~s/\//\\/;
    @file = glob("$location_dir\\database\\*.fa");
      $dirpath="$location_dir\\matched";
    mkdir ($dirpath); 
      foreach $file(@file){
    $fa=Bio::SeqIO->new(-file=>$file,-format=>'fasta');
    print " successful import $file\n";
    $c=0;
    $e=1;

while($seq_obj=$fa->next_seq){
    $id=$seq_obj->id;
    $seq=$seq_obj->seq;
    $seq_description=$seq_obj->desc;
    $OF=1;
    $OR=1;
    $OP=1;
    $NF2=1;
    $NR2=1;
    $NP2=1;
  if($seq =~ /$ORFF[1]/)
  {$OF=0;}
  if($seq =~ /$ORFR[1]/)
  {$OR=0;}
  if($seq =~ /$ORFP[1]/)
  {$OP=0;}
  if($seq =~ /$ORFF[2]/)
  {$NF2=0;}
  if($seq =~ /$ORFR[2]/)
  {$NR2=0;}
  if($seq =~ /$ORFP[2]/)
  {$NP2=0;}
  $O=$OF+$OR+$OP;
  $N=$NF2+$NR2+$NP2;
  print "$file $id $O $N\n";
  $files=$file;
  $files=~s/\://g;
  $num=$files=~s/\\/_/g;
  $files=~s/\.fa//; 
  @files=split("_",$files);  
  if($O+$N==0){
    open WH, ">>$dirpath\\$files[$num].matched";
    print WH ">$id $seq_description\n";
    print WH "$seq\n";
    close WH;
  }elsif($O>0)
  {
    if($N>0){
    open WH, ">>$dirpath\\$files[$num].unmatched";
    print WH ">$id $seq_description\n";
    print WH "$seq\n";
    close WH;
    }else{
    open WH, ">>$dirpath\\$files[$num]\_Primer1.matched";
    print WH ">$id $seq_description\n";
    print WH "$seq\n";
    close WH;
    }
  }else{ 
    open WH, ">>$dirpath\\$files[$num]\_Primer2.matched";
    print WH ">$id $seq_description\n";
    print WH "$seq\n";
    close WH;
  }
}
}