【Workflow】10分钟快速了解WDL/Cromwell工作流

镰刀韭菜

于 2023-06-20 14:34:16 发布

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分类专栏：生物信息与统计分析文章标签： workflow WDL cromwell nextflow snakemake

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本文介绍了科学工作流的背景，强调了使用工作流框架的重要性，如Nextflow、Snakemake和WDL/Cromwell。Nextflow支持多种执行平台，而Snakemake以其Python基础和易读性吸引用户。WDL是一种工作流描述语言，与Cromwell引擎配合使用。文章详细探讨了WDL的组件和执行引擎，以及相关工具和资源，对比了各框架的特点。

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Cromwell是适应于科学工作的 工作流管理系统，就是串流程时可以使用的一个 调度器，支持多个计算平台，从公共云到HPC调度器，重点是它 可以支持两种语言格式： Workflow Description Language (WDL) 和 Common Workflow Language (CWL)，再重点是这两种语言都被 GA4GH项目接受，WDL是著名的 broadinstitute开发的。

生信工作流背景介绍

科学工作流是连续的和并发的数据处理任务的组合，其顺序由数据相互依赖性决定；科学工作流程通常以有向无环图（DAG）的形式来描述[1]。

Scientific workflows are compositions of sequential and concurrent data processing tasks, whose order is determined by data interdependencies. A task is the basic data processing component of a scientiﬁc workﬂow, consuming