俄罗斯技术宅教你如何花5万美元制作家用DNA测序仪

家用DNA测序：怎么花5万美元安装这样的仪器

大家好，我叫亚历山大•索科洛夫，是一名来自俄罗斯的量子密码学专家。我在此想跟大家讲一下如何在家里制造一台DNA测序仪，解译脱氧核糖核酸（DNA）信息。这样一台机器的市场价差不多是5万美元。

图1：读取DNA信息的核心部件
先简单讲讲“基因”这个东西。在2003年，科学界发布了一则轰动一时的声明：科学家终于解码了人类基因组。这就是众所周知的“人类基因组计划”，这项伟大的国际项目耗费了30亿美元，这个项目让读取DNA信息得以实现。人类的基因组由DNA组成，DNA即是生物体的源代码（或者说是构建基础）。DNA是由4种不同核苷酸组成的双螺旋结构（腺嘌呤、鸟嘌呤、胞嘧啶、胸腺嘧啶），这些核苷酸在人类基因组中会重复排列约30亿次。像电脑存储的所有信息都是由二进制数字编译而成一样，生成所有人类蛋白质的指令信息编译在核苷酸中。如果我们知道了核苷酸在DNA序列中是如何排列的，理论上讲，我们收集到所有所需的蛋白质信息，并能得到一个人的物质构成。事实上，科学家并没有解码DNA。他们只是把化学物质序列在电脑上转译成了一组0和1的组合。到目前为止，我们只能理解5%的基因组信息；我们只能尝试猜测剩下的95%的信息。
第一个人类DNA测序的花费约1亿美元。发展到如今，原本的天文数字降低了很多，现在花费差不多是1千美金。客户付费后，他的DNA就会被测序，然后实验室会给他一个装有3GB信息的硬盘，里面存储了个人的以数码形式存储的基因组信息。
目前，市面上有3种主流的测序仪。最为广泛应用的产品是Illumina公司开发的HiSeq，此产品通过荧光法可以提供最为廉价的基因组测序方式。其原理是通过激光束照射DNA，而后荧光标记的核苷酸会产生发光反应。测序过程会持续数日，此过程可以处理多个人的基因组。仪器的购置成本约为1百万美元，因为这项技术过时了差不多3年时间（更新、更低价、更快的测序仪已经问世），所以这样一台机器每天要花1千美元才能物有所值。
市面上受欢迎程度次之的仪器是在几年前问世的。这个仪器是由Oxford Nanopore Technologies开发的Nanopore（纳米孔测序），其技术原理是通过纳米孔来测定DNA。DNA的信息通过蛋白质和电讯号来实现读取。Nanopore是目前市面上最廉价的仪器，其定位是一次性家用测序仪，其花费约为1000美元。
第三台仪器叫做个人基因组测序仪（PGM）的半导体测序仪，其花费约5万美元。基因组测序的过程仅需几个小时。

图2：个人基因组测序仪（PGM）
PGM测序仪是我比较后的选择结果，我需要这样一台仪器用作我的个人实验室。但因为我没有5万美元的预算，所以我决定自己来做这样一台测序仪。
在讲我的想法之前，我先简要解释一下半导体测序仪是如何工作的。一条DNA链条可以拆分为若干300-400个核苷酸构成的片段。这些片段我们称之为序列，这些序列片段会与亚克力微球连接，并会多次复制。基因序列的复制是必要的，这样可以增大每个特定序列的信号强度。如此一来，我们就得到了一份“连接在”小球上的特定的DNA片段。一整套这样的小球集合可以称之为DNA文库。
PGM基因测序仪的核心是一种抛弃式芯片，即感应原件。这个感应原件与相机的感光元件相似，不同之处在于，感光元件的像素点对光会产生反应，而它通过晶体管对PH值的变化起反应。上文所述的DNA文库会被加载在含有上千万个反应池的芯片上，每个反应池的底部有一个PH感应晶体管。一个DNA小球对应一个