目前Nanopore卖点主要是两个角度:第一是Nanopore的读长长,某些情况下能够达到单条上M,但是这种情况可遇而不可求,很多时候只存在于宣传册上。另一个则是Nanpore便宜,这样就能够保证测序深度,从而提高组装质量。
但是Nanopore也有一个劣势,那就是它的错误谱(error profile)和PacBio不一样,并非随机,而是主要集中在homopolymer。因此PacBio在纠错之后的准确率可以高达99%,但是Nanopore达不到该水平。这个问题就导致了Nanopore在组装时候会消耗更多的计算资源。比如说Canu在文档里提到,它将Nanopore纠错后的错误率从原来的0.144下调到0.12,速度提高了5-10倍。