freesurfer分割流程——recon-all 四 surf文件夹介绍

最新推荐文章于 2024-10-02 16:50:28 发布
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分类专栏： freesurfer 文章标签： linux 图像处理
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surf文件夹——存储软脑膜表面，白质文件，把脑吹膨胀的软脑膜表面

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AliceMeng20
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Freesurfer recon-all命令详解及使用示例
handsofgod的博客
06-28 7815
本文详细说明了freesurfer软件工具中recon-all命令的具体步骤，并解释了每一步的作用，方便在对MRI图像进行预处理时对每一步有详细的理解。同时也可以根据各个步骤自定义处理流程。
recon-all 指令帮助手册【freesurfer】
qimo601的专栏
11-14 6951
Name recon-all : Performs all, or any part of, the FreeSurfer cortical reconstruction process.   Synopsis recon-all -subjid subjid [Directive]   Arguments Note: arguments ar...
freesurfer reconall结果文件介绍
KaSuo幻影的博客
08-24 1758
freeview -v \ good_output/mri/T1.mgz \ good_output/mri/wm.mgz \ good_output/mri/brainmask.mgz \ good_output/mri/aseg.mgz:colormap=lut:opacity=0.2 \ -f good_output/surf/lh.white:edgecolor=blue \ good_output/surf/lh.pial:edgecolor=red \ good_output/surf/rh..
Freesurfer学习笔记——Longitudinal Tutorial 9/13
KaSuo幻影的博客
06-22 4845
1. Preparations export FREESURFER_HOME=/Applications/freesurfer source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh export TUTORIAL_DATA=/Applications/freesurfer/tutorial_data export SUBJECTS_DIR=$TUTORIAL_DATA/long-tutorial cd $SUBJECTS_DIR 2. Longitudinal Imag
USAGE: recon-all
qimo601的专栏
11-14 1782
USAGE: recon-all  Required Arguments:    -subjid <subjid>    -<process directive>  Fully-Automated Directive:   -all           : performs all stages of cortical reconstruction   -autorec...
Freesurfer学习笔记——Multimodal Integration(3 Diffusion and DTI Integration) 8/13
KaSuo幻影的博客
05-29 1963
Diffusion and DTI Integration
Freesurfer学习笔记——Introduction to Freesurfer Output（输出简介）
KaSuo幻影的博客
03-25 7580
先看看通过freesurfer我们得到的输出是什么样子的，做到胸中插竹子。 Preparations（准备工作）：下载数据集，设置环境 export TUTORIAL_DATA=<path_to_your_tutorial_data> //导入环境，设置你的数据集解压后的文件夹路径：TUTORIAL_DATA export SUBJECTS_DIR=$...
Freesurfer学习笔记——Fixing a bad skull strip3.4
KaSuo幻影的博客
04-22 1368
颅骨剥离后，可能发生的两个错误：1.错误滴去除了一部分皮质或小脑 2.颅骨没有剥离干净。但是如果颅骨没有剥离干净的部分不影响pial or white surface ，则不认为是错误。 解决方法：1.手动编辑volumes 2.调整颅骨剥离步骤中mri_watershed的输入参数，再次运行（相对简单）。 例子Skullstrip_Before中皮质的posterior regions后部区...
Freesurfer学习笔记——Anatomical ROI analysis 7/13
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05-18 1万+
1. Preparations 本教程简要介绍解剖ROI分析，包括了解FreeSurfer标签文件，从标签文件中提取ROI度量以及创建个人和组统计文件以进行进一步分析。 <source_freesurfer> export TUTORIAL_DATA=<path_to_your_tutorial_data> export SUBJECTS_DIR=$TUTORIAL_DATA/buckner_data/tutorial_subjs/group_analysis_tutorial
Python库 | freesurfer_surface-1.2.0-py3-none-any.whl
02-16
4. **接口对接**：freesurfer_surface提供了与FreeSurfer命令行工具的接口，可以直接调用FreeSurfer的命令，如`recon-all`，实现更复杂的分析任务。 5. **数据导入导出**：支持多种数据格式的导入和导出，如GIFTI、...
freesurfer使用教程.pdf
09-30
recon-all -all -s $sub1 ``` 这将分析一个被试的数据，然后我们可以使用 sed 命令将 sub1 替换成其他被试编号，生成其他被试的代码。最后，在端口敲入命令：sh 代码文件，数据就开始分析了。 二、数据检查 数据...
surf配准matlab代码-Retinotopy:视网膜检影
05-23
recon-all -i str_raw/00000001.dcm -subject David_struct1 -all 因为我想在本地获取结构化数据，所以我使用以下几行代码通过scp将其从服务器中移出 scp -r davsan@akalla.cns.ki.se:~/Desktop/Distractor_project/...
[Linux]从零开始的网站搭建教程
c858845275的博客
10-02 767
讲解了如何搭建运维面板安装web服务器和搭建一个自己的网站。
在 Kali Linux 中安装 Impacket
weixin_44023460的博客
09-30 238
在安装 Impacket 之前，你需要确保安装了 Python 和一些必要的依赖。通常，Kali 已经预装了 Python。步骤 3：克隆 Impacket 仓库。步骤 4：进入 Impacket 目录。如果你看到帮助信息，说明安装成功。步骤 5：安装 Impacket。
Linux 安装redis主从模式+哨兵模式3台节点
一千个读者就有一千个哈姆雷特
09-27 418
Linux 安装redis主从模式+哨兵模式3台节点
【Linux】进程间关系与守护进程
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10-02 482
超出能力之外的事，如果永远不去做，那你就永远无法进步。--- 乌龟大师 《功夫熊猫》---
linux 源代码编译
Lxn2zh的博客
09-27 1360
有时候会在linux上下载源码包，然后进行编译成可执行的文件，这个过程需要经过configure、make、make install、make clean四个步骤。configure 为这个程序在当前的操作系统环境下选择合适的编译器和环境参数来编译该代码。make install 将已编译好的可执行文件安装到操作系统指定或默认的安装目录下。make 对程序代码进行编译操作，会将源码编译成可执行的目标文件。make clean 删除编译时临时产生的目录或文件。
bash: /home/nxl/freesurfer/bin/recon-all: /bin/tcsh: 错误的解释器: 没有那个文件或目录
04-05
这个错误提示说明在运行 `/home/nxl/freesurfer/bin/recon-all` 命令时，系统无法找到 `/bin/tcsh` 解释器。 可能的原因是 `/bin/tcsh` 解释器没有安装在系统中，或者路径设置不正确。你可以尝试使用以下命令来查找...
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