freesurfer
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AliceMeng20
这个作者很懒,什么都没留下…
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freesurfer指令介绍一:mri_vol2label、mri_vol2roi、mri_extract_label、mri_vol2vol
这个命令从分割文件aseg.mgz中提取出标签值为17的区域(例如左海马),并生成一个二值化的体积图像hippocampus_label.mgz,其中左海马区域的像素值为1,其他区域的像素值为0。上面的命令从aseg.mgz(自动分割的结构图像)中提取ID为17的区域(如左侧海马),并将其保存为标签文件lh.hippocampus.label。这个命令使用aseg.mgz标签图像,从T1.mgz体积图像中提取出海马区域,并将其保存为hippocampus_roi.mgz。–id:感兴趣区域的ID或值。原创 2024-09-03 22:06:42 · 179 阅读 · 0 评论 -
freesurfer分割流程——recon-all 四 surf文件夹介绍
更多介绍见freesurfer官方提供的文档介绍。原创 2024-08-23 10:10:41 · 50 阅读 · 0 评论 -
freesurfer分割流程——recon-all 三 mri文件夹介绍
mri文件夹——存放数据结构图和分区模板图像原创 2024-08-23 10:06:22 · 97 阅读 · 0 评论 -
freesurfer分割流程——recon-all 二 Scripts文件夹介绍
运行完recaon-all以后,如果发现终端输出报错或者显示警告,首先我们应该检查日志scripts文件夹下面的recon-all.log文件,看出错位置,解决问题。如果看到finished without error,该被试成功跑完了所有步骤。原创 2024-08-23 10:04:24 · 44 阅读 · 0 评论 -
freesurfer分割流程——recon-all 一 指令介绍
recon命令-i 选项表示输入文件,输入文件是 dicom 或者 nifti 格式的 T1 加权像(可以有多个-i 选项,对应多个输入的情况),如果是 dicom 格式(有多个文件),只需要给出其中一个文件即可;-s 选项表示输出文件的目录名,-sd 选项表示输出文件的路径,也就是 recon-all 的处理结果会存放在outputpathoutputpath{output_dir}下。原创 2024-08-23 09:58:28 · 110 阅读 · 0 评论 -
freesurfer海马分为前、中、后海马
使用上一篇文章中提到的freesurfer自动分割流程分割海马,对于freesurfer7 使用segmentHA_T1.sh指令进行海马亚区的分割,对于T2图像也有对应指令,但是也有像我这种版本较低的情况,我使用的是freesurfer6,因此我使用的是freesurfer提供的一个较老的方法,利用的是recon-all的指令提供的一个选项,具体实现方法请参考上一篇文章。freesurfer的安装以及之前的处理流程这里不再详细解释,如果需要了解,请参考之前的文章或者freesurfer官网。原创 2024-08-22 16:14:30 · 50 阅读 · 0 评论 -
freesurfer进行海马海马亚区分割
少数freesurfer模块需要使用matlab runtime package(MCR),可以不用安装matlab,使用freesurfer指令fs_install_mcr安装MCR就可以。但是我这里显示没有segmentHA_T1.sh指令,我使用了freesurfer官网提供的一个分割方法。对于freesurfer7,需要安装 MCR 8.4 (R2014b),运行。对于freesurfer6,需要安装 MCR 8.0(R2012b) ,运行。考虑到参考目录的问题,可以运行指令,指定运行目录。原创 2024-08-21 16:23:32 · 88 阅读 · 0 评论