Freesurfer学习笔记——Fixing a bad skull strip3.4

颅骨剥离后，可能发生的两个错误：1.错误滴去除了一部分皮质或小脑 2.颅骨没有剥离干净。但是如果颅骨没有剥离干净的部分不影响pial or white surface ，则不认为是错误。

解决方法：1.手动编辑volumes 2.调整颅骨剥离步骤中mri_watershed的输入参数，再次运行（相对简单）。

例子Skullstrip_Before中皮质的posterior regions后部区域被错误滴剥离了

freeview -v skullstrip_before/mri/T1.mgz \
skullstrip_before/mri/brainmask.mgz:colormap=heat:visible=false \
skullstrip_before/mri/aparc+aseg.mgz:colormap=lut:opacity=0.2 \
-f skullstrip_before/surf/lh.white:edgecolor=yellow \
skullstrip_before/surf/lh.pial:edgecolor=red \
skullstrip_before/surf/rh.white:edgecolor=yellow \
skullstrip_before/surf/rh.pial:edgecolor=red

在sagittal矢状切片101 中，一些皮质也被错误滴剥离了

让brainmask位于T1 volumes上方，并使用heat-mapped，可以看到由于颅骨剥离错误导致的问题。

Adjusting watershed parameters

颅骨剥离是使用The watershed algorithm（分水岭算法）来查找大脑和颅骨之间的边界，1.如果有大脑被切除，则应增加preflooding height percentage（预淹高度百分比）2.如果颅骨未被剥离干净，则需要降低此高度。

recon-all -skullstrip -wsthresh <h> -clean-bm -subjid <subject name>

其中<h>代表预淹高度，<subject name>是文件名，-clean-bm表示覆盖旧的brainmask.mgz volume，如果不使用这个命令，则整条语句不会生效。

Part of the brain is missing

可以使用-no-wsgcaatlas flag (wsgcaatlas = with skull gaussian classifier array atlas带有颅骨高斯分类器阵列图集)，并且设置预淹高度在1到50之间，重新运行watershed algorithm来修复brainmask.mgz 。预淹高度系统默认是25，所以如果结果为大脑的一部分缺失，则应从35左右开始调整，如果颅骨未剥离干净，则应从15开始调整。

recon-all -skullstrip -wsthresh <h> -clean-bm -no-wsgcaatlas -subjid skullstrip_before

查看输出brainmask.mgz的结果，和原始的T1 volume。

freeview -v skullstrip_after/mri/T1.mgz \
skullstrip_after/mri/brainmask.mgz:colormap=heat

正确的颅骨剥离后的brainmask应该长这样sagittal slice 101：

Using gcut

当颅骨剥离残留了一部分硬脑膜时，还可以使用-gcut flag，该标志运行mri_gcut command，可以自动去除可能影响表面的所有硬脑膜。

recon-all -skullstrip -clean-bm -gcut -subjid <subject name>

使brainmask.gcuts.mgz在T1.mgz上方，查看-gcut命令删除了哪些体素，尤其是gm和小脑的边缘。下图分别为sag/cor/axial。

    

Regenerating surfaces after the bad skull strip is fixed

颅骨剥离修复后，运行以下命令在新的brainmask.mgz上来重新生成white and pial surfaces。

recon-all -autorecon-pial -subjid <subject name>

这个命令不会重新生成aseg.mgz和wm.mgz,因为这些文件是在使用mris_make_surfaces命令生成surfaces之前创建的，所以要生成这两个文件得从头运行：

recon-all -all -subjid <subject name>