matlab+mricron实现医学图像格式转化（dicom转nifti）

matlab+mricron实现医学图像格式转化（dicom转nifti）

大部分医学图像处理软件都能实现格式转化，这里记录一下我在格式转化的时候采用的一个简单易行的方法。

原文链接：大佬博客

确保电脑已经安装Matlab与SPM12。
下载mricron：https://www.nitrc.org/frs/?group_id=152

1、mricron配置环境变量
打开环境变量编辑器，将mricron中的Resources的路径添加到环境变量。

2、检查环境变量是否配置成功。
win+r，输入cmd

输入dcm2niix，出现如下所示则说明配置正确。

3、打开matlab，实现批量转化。
在matlab中新建脚本，输入以下代码并运行。

dirNames = cellstr(spm_select(Inf, 'dir'));

for i_a = 1:numel(dirNames)
   dirName = dirNames{i_a};
   cd(dirName);
   fList = dir('*');
   fList(1:2) = [];
   
   if isempty(fList)
      disp(dirName) 
   end
   
   cmdline = sprintf('dcm2niix -g N %s', fList(1).name);
   system(cmdline)
end

出现如图对话框，批量选择选择dicom文件所在的文件夹，运行就可以实现批量转换。转换后的nii文件默认保存在选择的文件夹下。