活动报名 | 新国立尤洋：FastFold——将AlphaFold训练时间从11天减少到67小时

本期为青源LIVE第42期线上直播活动，参与直播互动有惊喜🎁！

在结构生物学领域，蛋白质结构预测是理解基因翻译和蛋白质功能的重要方法。AlphaFold将Transformer模型引入到蛋白质结构预测领域，其能够以原子精度预测蛋白质结构。但是，AlphaFold模型的特殊性能和巨大的内存消耗，使其既耗时又昂贵。

基于此，新国立尤洋团队提出了一种蛋白质结构预测模型的高效实现 FastFold。实验结果表明，FastFold 将整体训练时间从 11 天减少到 67 小时，并实现了 7.5 ∼ 9.5 倍的长序列推理加速。

论文地址：https://arxiv.org/abs/2203.00854

本期青源LIVE邀请了尤洋教授做题为《FastFold：将AlphaFold训练时间从11天减少到67小时》的报告。

主讲人：尤洋是新加坡国立大学计算机系的校长青年教授 (Presidential Young Professor)，加州大学伯克利分校计算机博士。尤洋的研究专长包括高性能计算，并行算法，以及机器学习。他当前的研究重点是大规模深度学习训练算法的分布式优化。他曾创造ImageNet以及BERT训练速度的世界纪录，并被ScienceDaily，The Next Web，i-programmer等几十家媒体广泛报道。他设计的算法被广泛应用于谷歌，微软，英特尔，英伟达等科技巨头。尤洋近三年以第一作者身份在NIPS，ICLR，Supercomputing，IPDPS，ICS等国际重要会议或期刊上发表论文十余篇。他曾以第一作者身份获得了国际并行与分布式处理大会(IPDPS)的最佳论文(0.8%获奖率)和国际并行处理大会(ICPP)的最佳论文(0.3%获奖率)。尤洋曾获清华大学优秀毕业生，北京市优秀毕业生，国家奖学金，以及当时清华大学计算机系数额最高的西贝尔奖学金。他还在2017年获得美国计算机协会(ACM)官网上唯一颁给在读博士生的ACM-IEEE CS George Michael Memorial HPC Fellowship。他也获得了颁发给伯克利优秀毕业生的Lotfi A. Zadeh Prize。他还被UC Berkeley提名为ACM Doctoral Dissertation Award候选人(81名UC Berkeley EECS 2020博士毕业生中选2人)。尤洋在2021年被选入福布斯30岁以下精英榜 (亚洲)并获得IEEE-CS超算杰出新人奖。

更多信息请查看他的研究小组主页(https://ai.comp.nus.edu.sg/) 。

主题：FastFold：将AlphaFold训练时间从11天减少到67小时

时间：2022年3月8日（周二）19：00~20：00

形式：线上

入会方式：

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报告摘要：尤洋团队提出了一种用于训练和推理的蛋白质结构预测模型的高效实现FastFold。FastFold包括一系列基于AlphaFold性能全面分析的GPU优化。同时，通过动态轴向并行和对偶异步操作，FastFold实现了较高的模型并行扩展效率，超过了现有的模型并行技术。实验结果表明，FastFold将整体训练时间从11天缩短到67小时，达到7.5∼9.5倍的长序列推断的加速比。此外，该团队将FastFold扩展到512 个A100GPU的超算集群上，并以90.1%的并行效率，实现了6.02PetaFLOPs的聚合。

代码链接：https://github.com/hpcaitech/FastFold

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