生物信息_Blast比对_blast

生物信息_Blast比对_blast

 

先对ref建库
/bin/formatdb -i /dir/ref.fa -p F -o
进行blast比对,输出是m8格式,具体很多参数,参看《常用生物数据分析软件
/bin/blastall -i input.fa -d /dir/ref.fa -o blast.out -p blastn -m 8

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Usage: /home/chenlianfu/chenlianfu_scripts/blast.pl [options] BLAST_DB file.fasta > out.txt --tmp-prefix default: blast 设置临时文件或文件夹前缀。默认设置下,程序生成command.blast.list,blast.tmp/等临时文件或目录。 --chunk default: 10 设置每个数据块的序列条数。程序会将输入FASTA文件中的序列从前往后分割成多份,每10条相邻的序列分配到一个FASTA文件中;在blast.tmp/临时文件夹下生成次级文件夹,每个文件夹做多放置10个FASTA文件;每个fasta文件写出一条BLAST命令到command.blast.list文件中;然后程序调用ParaFly进行并行化计算。 请注意:若数据块的数量超过100万个,默认设置下blast.tmp/文件夹中的目录数量太多(超过1万个),导致文件系统运行缓慢,ParaFly程序运行效率低下,无法充分利用服务器计算资源。此时推荐设置--chunk参数值为100。 --blast-program default: blastp 设置运行的BLAST命令,支持的命令有:blastn, blastp, blastx, tblastn, tblastx。 --CPU default: 1 设置并行运行的BLAST程序个数。 --blast-threads default: 1 设置BLAST命令的-num_threads参数值。该参数让每个BLAST命令可以多线程运行。 请注意:--blast-threads参数值和--CPU参数值的乘积不要超过服务器的CPU总计算线程数。 --evalue default: 1e-3 设置BLAST命令的-evalue参数值。 --outfmt default: 5 设置BLAST命令的-outfmt参数值。输出方式。若为5,则输出xml格式结果,若为6或7,则输出表格结果。 --max-target-seqs default: 20 设置BLAST命令的-max_target_seqs参数值。该参数设置BLAST最多能匹配数据库中的序列数量。 -clean 若添加该参数,则在运行程序成功后,会删除临时文件或文件夹。
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