生物信息_SOAPsnp_参数设置_例子

生物信息_SOAPsnp_参数设置_例子

 

跑SOAPsnp：

例：
/dir/SOAPsnp -i /dir/SOAP_output/pe.soap.sort -d /dir/ref_index/sequence1 -o /dir/SOAPsnp_output/out1.cns -M /dir/SOAPsnp_output/matrix1.mat -L 90 2>/dir/SOAPsnp_output/cns1.log

-i
接排序后的soap输出结果（可以去重复之后再作为输入）
-d
ref文件
-o
输出cns文件
-M
输出质量值校准矩阵，方便以后重复使用？
-L
读长

例：
/dir/soapsnp -B /dir/bam_bychr/chr1 -d /dir/ref/chr1.fa -o /dir/cns_files/chr1.cns -u -L 90 -2 -s /dir/hg19/dbSNP.chr.All.whithchr

-B
接排序后的Bam格式的输出结果（可以去重复之后再作为输入）
-u
秩和检验
-2
用dbSNP提SNP
-s
使用预格式化的dbSNP信息