生物信息_Call_snp_by_soapsnp_全基因组

生物信息_Call_snp_by_soapsnp_全基因组

 

数据：
人全基因组（100多G，两个gz文件，已去接头，pe测序，90读长）
方法：call_snp_by_soapsnp
每步估计需要投多大（仅作参考）：

Bwa（13G）：
从两个clean.fq.gz到两个.sai再到一个.sam
注：在生成完sam之后检查有没有报错，没有就可以把.sai删掉。
Get_uniq_map_reads（0.5G）:
从.sam到.filter_sam
注：留意.filter_sam.stat中的过滤率（记下来，评估的时候用着），这次均为90多，确认正常。
Samtools_process（0.5G）：
从.filter_sam到.bam，并对bam进行排序生成.sort.bam，对.sort.bam去重复得.rmdup.bam，最后建.rmdup.bam索引。
注&#x