生物信息_Call_snp_by_soapsnp_全基因组
数据:
人全基因组(100多G,两个gz文件,已去接头,pe测序,90读长)
方法:call_snp_by_soapsnp
每步估计需要投多大(仅作参考):
Bwa(13G):
从两个clean.fq.gz到两个.sai再到一个.sam
注:在生成完sam之后检查有没有报错,没有就可以把.sai删掉。
Get_uniq_map_reads(0.5G):
从.sam到.filter_sam
注:留意.filter_sam.stat中的过滤率(记下来,评估的时候用着),这次均为90多,确认正常。
Samtools_process(0.5G):
从.filter_sam到.bam,并对bam进行排序生成.sort.bam,对.sort.bam去重复得.rmdup.bam,最后建.rmdup.bam索引。
注&#x