生物信息_Call_snp_by_soapsnp_外显子

生物信息_Call_snp_by_soapsnp_外显子 

 

数据：
人外显子（5.6G左右，两个gz文件，Agilent 50M，pe测序，90读长）
方法：call_snp_by_soapsnp
每步估计需要投多大（仅作参考）：

SOAP（也就是Soapaligner，5.6G）：
从两个fq.gz到分染色体之后的.soap

注：SOAP这步输入文件有一个chrOrder，要自己生成的，一般简单复制粘贴略作修改就好。中途会生成.soap.pe、.soap.se、.soap.unmap，把.soap.pe、.soap.se一块cat到.soap.pe.se.gz，再对.soap.pe.se.gz分染色体就会得到.soap。最好建一个文件夹放.soap结果。

SOAPsnp（0.5G）:
从各个染色体的.soap到.snp
注：.snp结果实际上是.cns文件