生物信息_SOAPalign_参数设置_例子

生物信息_SOAPalign_参数设置_例子

 

跑SOAPalign之前要建库
/dir/2bwt-builder <sequence>
注：会得到一堆的<sequence>.index文件，<sequence>.index指代建库产生的一系列文件

跑SOAPalign

例：
/dir/SOAP -D <sequence>.index -t -l 35 -v 4 -m 28 -x 481 -g 1 -p 4 –a pe_1.fq.gz -b pe_2.fq.gz -o /outfile/pe.soap -2 /outfile/pe.single -u /outfile/pe.unmap 2>>/outfile/SOAP.log

 

-D <sequence>.index
接建库以后的index，也就是处理后的ref
-t
输出reads的id而不是输出reads的name
-l <数字>
对于长reads的3'端有高的错误率，因此不能完全比对上去，优先考虑比对5'端的这么