- 【MIMIC数据库教程】一、MIMIC-IV3.1表格与字段详解(一):Hosp和ICU模块表格整体介绍
- 【MIMIC数据库教程】二、MIMIC-IV3.1表格与字段详解(二):Hosp住院模块表格详解(上)
- 【MIMIC数据库教程】三、MIMIC-IV3.1表格与字段详解(三):Hosp住院模块表格详解(中)
MIMIC-IV 3.1 表格与字段详解(三):Hosp 住院模块表格详解(中)
摘要: MIMIC-IV 是一个关系数据库,包含美国马萨诸塞州某三级学术医疗中心的住院患者数据。它继承 MIMIC-III 的基础,提供更丰富的数据,包括实验室测量、用药、生命体征记录等,支持医疗健康研究。但大量繁琐的表格极大地增加了数据处理的难度,本教程将详细介绍 MIMIC-IV 3.1 版本中包含的 31 张表格及其字段,帮助读者更好地理解和使用 MIMIC-IV 数据库。我将在本专栏中持续更新 MIMIC-IV 数据库的详细解读和数据挖掘,敬请关注!
数据模块概述
MIMIC-IV 3.1 版本包含 住院 (hosp) 和 重症监护 (ICU) 两个模块的数据:
- Hosp: 提供全院电子病历数据,包括入院信息、实验室测量、微生物学、用药、账单等,共计 22 张表。
- ICU: 记录重症监护室数据,如静脉注射、呼吸机设置、生命体征等,共计 9 张表。
在之前的文章【MIMIC数据库教程】一、MIMIC-IV3.1表格与字段详解(一)中整体性的介绍了Hosp和ICU模块中的所有表格,本文将开始对这些表格详细介绍和解读。
🏥 Hosp:omr表格
omr表格存储电子病历中记录的各种信息。它是血压、体重、身高和体重指数等门诊测量数据的有用来源,总共包含7753027行,5个字段,每个字段含义如下:
列名 | 字段含义 | 变量类型 | 缺失值数量 |
---|---|---|---|
subject_id | 患者ID | 整数 | 0 |
chartdate | 记录时间 | 时间 | 0 |
seq_num | 同一天同类记录的排序号 | 整数 | 0 |
result_name | 电子病历中的检查信息 | 字符串 | 0 |
result_value | 电子病历中的检查结果 | 字符串 | 0 |
🏥 Hosp:labevents表格
labevents表格存储病人的所有实验室测量结果,其中包括血液学测量、血气、化学检验以及基因检测等不太常见的检验。,总共包含158374764行,16个字段,每个字段含义如下:
列名 | 字段含义 | 变量类型 | 缺失值数量 |
---|---|---|---|
labevent_id | 实验室检查记录ID | 整数 | 0 |
subject_id | 患者ID | 整数 | 0 |
hadm_id | 住院号 | 整数 | 73768897 |
specimen_id | 实验室测量样本ID | 整数 | 0 |
itemid | 实验室测量项目ID | 整数 | 0 |
order_provider_id | 下达测量的医护人员ID | 字符串 | 113933995 |
charttime | 测量结果的制表时间 | 时间 | 0 |
storetime | 实验室系统报告的测量结果时间 | 时间 | 2568511 |
value | 实验室测量结果 | 字符串 | 16062783 |
valuenum | 转换后的测量结果 | 浮点数 | 21490341 |
valueuom | 测量指标的单位 | 字符串 | 26555866 |
ref_range_lower | 参考下限 | 浮点数 | 31579618 |
ref_range_upper | 参考上限 | 浮点数 | 31579618 |
flag | 指示指标是否异常 | 字符串 | 112405302 |
priority | 实验室测量的优先级 | 字符串 | 7652745 |
comments | 注释 | 字符串 | 130357314 |
🏥 Hosp:microbiologyevents表格
microbiologyevents表格存储病人的微生物检查结果,总共包含3988224行,25个字段,其余字段含义如下:
列名 | 字段含义 | 变量类型 | 缺失值数量 |
---|---|---|---|
microevent_id | 微生物检查记录ID | 整数 | 0 |
subject_id | 患者ID | 整数 | 0 |
hadm_id | 住院ID | 整数 | 2228343 |
micro_specimen_id | 微生物测量标本ID | 整数 | 0 |
order_provider_id | 下达微生物测量的医护人员ID | 整数 | 2839884 |
chartdate | 记录测量结果的时间 | 时间 | 0 |
charttime | 记录测量结果的时间 | 时间 | 303456 |
spec_itemid | 培养微生物样本的ID | 整数 | 0 |
spec_type_desc | 样本的描述 | 字符串 | 1 |
test_seq | 多个样本的区分字段 | 整数 | 0 |
storedate | 提供微生物检测结果的时间 | 时间 | 18540 |
storetime | 提供微生物检测结果的时间 | 时间 | 32192 |
test_itemid | 给定试样的测试ID | 整数 | 0 |
test_name | 给定试样的测试名 | 字符串 | 0 |
org_itemid | 检测时生长的微生物ID | 整数 | 2352859 |
org_name | 检测时生长的微生物名 | 字符串 | 2352859 |
isolate_num | 检测抗生素时的隔离菌落 | 整数 | 2352859 |
quantity | 字符串 | 3988042 | |
ab_itemid | 抗生素药敏试验ID | 整数 | 2577966 |
ab_name | 抗生素 | 字符串 | 2577966 |
dilution_text | 字符串 | 2613366 | |
dilution_comparison | 字符串 | 2614476 | |
dilution_value | 测试抗生素敏感性时的稀释值 | 浮点数 | 2614476 |
interpretation | 抗生素敏感性测试结果 | 字符串 | 2577966 |
comments | 注释 | 字符串 | 1269864 |
🏥 Hosp:patients表格
patients表格存储病人的基本信息,包含性别年龄等信息,总共包含364627行,6个字段,每个字段含义如下:
列名 | 字段含义 | 变量类型 | 缺失值数量 |
---|---|---|---|
subject_id | 患者ID | 整数 | 0 |
gender | 性别 | 字符串 | 0 |
anchor_age | 移位年龄 | 整数 | 0 |
anchor_year | 移位年 | 整数 | 0 |
anchor_year_group | 标定组 | 字符串 | 0 |
dod | 患者死亡时间 | 时间 | 326326 |
患者的年龄信息和死亡时间是做过偏移的
🏥 Hosp:pharmacy表格
pharmacy表提供了有关患者处方药物的详细信息,包括药物剂量、处方剂量、用药频率、用药途径和处方持续时间。总共包含17847567行,27个字段,每个字段含义如下:
列名 | 字段含义 | 变量类型 | 缺失值数量 |
---|---|---|---|
subject_id | 患者ID | 整数 | 0 |
hadm_id | 住院ID | 整数 | 2228343 |
pharmacy_id | 与pharmacy表匹配的标识符 | 整数 | 0 |
poe_id | 与poe表匹配的标识符 | 字符串 | 145597 |
starttime | 指定处方药的开始时间 | 时间 | 21894 |
stoptime | 指定处方药的结束时间 | 时间 | 92169 |
medication | 药物名称 | 字符串 | 1137574 |
proc_type | 药物类型 | 字符串 | 0 |
status | 处方状态(有效、无效和停用) | 字符串 | 0 |
entertime | 处方输入药房系统的时间 | 时间 | 0 |
verifiedtime | 医生核实处方的时间 | 时间 | 6571 |
route | 处方的预期给药途径 | 字符串 | 74881 |
frequency | 给药频率 | 字符串 | 96223 |
disp_sched | 每天给药的时间 | 字符串 | 7172767 |
infusion_type | 输液类型的编码 | 字符串 | 16635584 |
sliding_scale | 是否按比例给药 | 字符串 | 15964957 |
lockout_interval | 病人再次服药前必须等待的时间 | 字符串 | 17541248 |
basal_rate | 24小时内的给药速度 | 实数 | 17540691 |
one_hr_max | 一小时内的最大剂量 | 字符串 | 17785592 |
doses_per_24_hrs | 每24小时的预期剂量 | 实数 | 6884721 |
duration | 给定剂量的持续时间 | 实数 | 13539612 |
duration_interval | 持续时间的测量单位 | 字符串 | 96540 |
expiration_value | 整数 | 2263523 | |
expiration_unit | 字符串 | 101837 | |
expirationdate | 时间 | 17825815 | |
dispensation | 配药来源 | 字符串 | 79257 |
fill_quantity | 配方中的比例 | 字符串 | 17825816 |
🏥 Hosp:poe表格
poe表提供了有关患者医嘱的信息,总共包含52212109行,12个字段,每个字段含义如下:
列名 | 字段含义 | 变量类型 | 缺失值数量 |
---|---|---|---|
poe_id | 医嘱标识符 | 字符串 | 0 |
poe_seq | 医嘱顺序 | 整数 | 0 |
subject_id | 患者ID | 整数 | 0 |
hadm_id | 住院ID | 整数 | 0 |
ordertime | 下达医嘱的时间 | 时间 | 0 |
order_type | 医嘱类型 | 字符串 | 0 |
order_subtype | 医嘱子类 | 字符串 | 32220166 |
transaction_type | 字符串 | 0 | |
discontinue_of_poe_id | 如果该POEA终止了某POEB,记录被终止POEB | 字符串 | 41480217 |
discontinued_by_poe_id | 如果该医嘱被POEC终止,记录POEC | 字符串 | 41556491 |
order_provider_id | 执行该医嘱的医护人员ID | 字符串 | 308039 |
order_status | poe状态,记录当前poe是否还生效 | 字符串 | 0 |
🔗 结论
住院信息中表格实在太多了,还是写不完,太长了,再多加一期。