如何用R语言ggplot2画箱线图

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前言

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一、数据集

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数据：

library(readxl)

data <- read_excel("fig2_violin.xlsx", sheet = "Sheet1")

二、ggplot2画图

1、全部代码

library(ggplot2)

pic =
    ggplot(data, aes(x = Species, y = Production, fill = Species, color = Species)) +
    geom_boxplot(width = 0.8, alpha = 0.5, lwd = 1) +
    # 主题设置
    theme_classic() +
	theme(plot.margin = margin(0.1, 0.1, 0.1, 1.3, "cm")) +
	# 轴设置
	xlab("") +
	coord_cartesian(ylim = c(0,2500)) +
    theme(axis.text = element_text(size = 18)) +
    theme(axis.text.x = element_text(angle = 30, hjust = 1)) +
    theme(axis.title = element_text(size = 20)) +
    theme(axis.title.y = element_text(margin = margin(t = 0, r = 10, b = 0, l = 0, unit = "pt"))) +
	# 图例设置
    theme(legend.position = "none") + 
    # 颜色
    scale_fill_manual(values=c('#fc8452', '#91cc75', '#ee6666', '#fac858', '#3ba272', '#73c0de', '#ea7ccc')) +
    scale_color_manual(values=c('#fc8452', '#91cc75', '#ee6666', '#fac858', '#3ba272', '#73c0de', '#ea7ccc'))
    

jpeg(filename = "test2.png", width = 4300, height = 3000, res = 600, quality = 100)
pic
dev.off()

2、细节拆分

1）导包

library(ggplot2)

2）创建图形对象

pic =
    ggplot(data, aes(x = Species, y = Production, fill = Species, color = Species)) +
    geom_boxplot(width = 0.8, alpha = 0.5, lwd = 1)

• 设置 x 轴为物种，y 轴为产量，按物种类型对边框（color）和内部（fill）着色。
• geom_boxplot 指定画箱线图。
  width = 0.8：设置每一个箱状矩形的宽度。值为0.8表示相对于默认宽度的80%。
  alpha = 0.5：设置填充颜色透明度。值为0.5表示50%的透明度，即半透明效果。
  lwd = 1：设置箱状矩形边框的线宽。值为1表示线的宽度为1个单位（毫米）。

3）主题设置

theme_classic() +
theme(plot.margin = margin(0.1, 0.1, 0.1, 1.3, "cm"))

• theme_classic 指定经典主题。
• 设置绘图区域的边距。margin 函数中的参数分别表示上、右、下、左四个方向的边距大小，单位为厘米（“cm”）。在这个例子中，上边距、右边距、下边距都是0.1厘米，左边距是1.3厘米。因为x轴刻度的文字比较长，如果不加宽左边距会有一部分被截断。

4）轴设置

xlab("") +
coord_cartesian(ylim = c(0,2500)) +
theme(axis.text = element_text(size = 18)) +
theme(axis.text.x = element_text(angle = 30, hjust = 1)) +
theme(axis.title = element_text(size = 20)) +
theme(axis.title.y = element_text(margin = margin(t = 0, r = 10, b = 0, l = 0, unit = "pt")))

• xlab 设置 x 轴标题为空。
• coord_cartesian(ylim = c(0,2500)) 用于限制y轴坐标轴的范围，只显示从0到2500的区间。这意味着即使数据中存在超出这个范围的值，图形也只会显示在这个范围内。该函数与ylim(0, 2500)的区别是：ylim 函数会过滤掉超出范围的数据点。当使用这个函数绘制箱线图时，会仅用 y∈[0,2500] 的点绘制。而 coord_cartesian 函数会用所有的点绘制，但只展示 y∈[0,2500] 区间的图像。
• 设置轴刻度字号18，其中对于 x 轴：
  angle = 30：设置刻度文本的旋转角度为30度，当文本较长时便于在图上显示。
  hjust = 1：设置 x 轴文本的水平对齐方式。值为1表示右对齐，即文本的右侧与轴线对齐。
• 设置轴标题字号20，其中对于 y 轴：
  margin 函数指定了 y 轴标题上、右、下、左四个方向的外边距大小，单位为 “pt”（points）。在这个例子中，上边距为0，右边距为10，下边距为0，左边距为0。防止 y 轴标题与刻度贴的太紧影响美观。

5）图例设置

theme(legend.position = "none")

• 将图例位置设为 “none”，即不显示图例。
  除此之外，还可以通过 guides 函数实现相同效果：去掉边框颜色和填充颜色的图例。

guides(color = "none", fill = "none") 

6）散点颜色

scale_fill_manual(values=c('#fc8452', '#91cc75', '#ee6666', '#fac858', '#3ba272', '#73c0de', '#ea7ccc')) +
scale_color_manual(values=c('#fc8452', '#91cc75', '#ee6666', '#fac858', '#3ba272', '#73c0de', '#ea7ccc'))

• 分别为每个物种类别设置填充颜色和边框颜色。

7）保存图片

jpeg(filename = "test2.png", width = 4300, height = 3000, res = 600, quality = 100)
pic
dev.off()

• jpeg 函数打开了一个JPEG设备，设定了图片的保存路径为 “test2.png”，图片的宽度为4300像素，高度为3000像素，分辨率为600 dpi，图片质量为100%。
• pic 是之前生成的图形对象。
• dev.off() 关闭了之前打开的图形设备，保存了图片到指定路径。这是在完成图片保存后必须执行的步骤，以确保保存的图片被正确地输出。