火爆全场的AlphaFold2，你开始用了吗？

以CASP14 92.4分拔得头筹的AlphaFold2开源啦！

想必大家都已经知道这个旧闻，但不知道是否已经开始用起来了呢？

目前谷歌提供了免费的云端平台Colab让大家可以通过Alphafold2预测蛋白质结构，不过版本和github上的有一定差异。

此外，社区版本现在还在频繁更新之中，所以如果想用原汁原味的Alphafold2开展科研工作，建议还是自己安装。

可惜AlphaFold2不是你想装就能装的，首先必须有土豪的硬件配置。

官方在Google云上的配置

硬盘：100G 启动盘 + 3T硬盘

CPU：12个vCPU

内存：85 GB

GPU：1个Nvidia A100 GPU

其次，安装的人必须有Linux的基础知识，熟悉脚本操作。

更别提2.2T海量数据库。好消息是好多是压缩包，实际下载438G，坏消息是数据库源都在国外，漫漫下载之旅（哭）。

看到这里是不是已经有点慌了？没关系，实际安装过程中会有更多的坑等着你。比如驱动、CUDA和CUDNN版本的选择，需要兼容匹配，不然就等着不停报错吧。

联旌智能结合20年的超算实施经验， 在高性能计算云平台EaaS上搭建了完整的AlphaFold2预测平台，省去了安装部署的麻烦，只需要导入序列就能预测。并已在山东大学高性能计算云平台上进行了批量测试，实现了一次构建、多次部署、全校共享、使用简便的良好效果。

相关链接

AlphaFold2开源地址：https://github.com/deepmind/alphafold

AlphaFold2预测的结构数据库：https://www.alphafold.ebi.ac.uk/

AlphaFold2 on Colab: https://colab.research.google.com/github/deepmind/alphafold/blob/main/notebooks/AlphaFold.ipynb

山东大学-学校高性能计算云平台构建蛋白质结构精准预测计算环境：https://www.view.sdu.edu.cn/info/1022/155635.htm