在window下写linux命令

在window系统下，用编辑器写shell脚本时会遇到的问题：

当你的命令在终端运行没有问题，放入xx.sh文件时，会报错，比如找不到文件，或者是提示command '\r'等类似的错误提示语时，均要考虑编码问题。

可以在.sh文件中输入

:set ff=unix

:wq

即可。

如对文件中每一行进行操作的脚本

#bash

cat BRCA1_2.designed.bed|while read line;
do /media/gsadmin/vd2/tmp/software/annovar.latest/annovar/convert2annovar.pl  -format region -seqdir /mnt/gsadmin/report_group/tmp/database/GATK/library/chromFa/ $line  >>BRCA1_2.bed;
done