linux下把软件添加到环境中遇到的问题总结

1.把路径添加到.bashrc中，

（1）遇到如下问题：syntax error near unexpected token `(' 的错误

原因是：linux5.0之后，是不能带有括号的，这个时候就需要转译了。

方法：rm -f HIBIKI_API(1).jar     →1.rm -f HIBIKI_API\(1\).jar

                                                     →2.rm -f HIBIKI_API"(1)".jar

（2）每次登陆服务器时，遇到-bashrc::No such file or directory 的错误

原因：把.bashrc中的第一行的#一不小心删除了

方法：在.ashrc的第一行加上#即可

2.在linux中通过pip install packagename时报错，可以通过pip install packagename --user解决

3.把软件绝对路径目录添加到.bashrc中

4.把picard 软件添加到环境中，运行以.jar软件方法：java -jar piacrd.jar

PICARD= /media/netdisk246/Bioinformatics/software/picard/picard.jar

alias picard="java_ jar $ PICARD" 

5.在该路径下，已经存在的软件直接运行软件名时总是提示不存在时，通过ll命令查看是否在该软件后面有*，如果有的话，可以通过./softwarename 来运行查看。