北鲲云超算平台药物发现Cloud-HPC&AI解决方案助力生命科学行业

于 2022-09-14 17:12:23 发布
阅读量475 收藏
点赞数
分类专栏： 云计算 文章标签： 云计算
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/Cloudam/article/details/126855947
版权

北鲲云超算平台一站式企业级HPC&AI平台致力于将技术、工程融合于科学中释放科研人员精力。

北鲲云将北鲲云超算（Cloud-HPC&AI系统）、北鲲云PipelineEngine（科学计算低代码平台科学计算低代码平台）及北鲲云BurstFS（云原生并行文件系统）组合，交付因云而生的高性能软件，减轻科研人员的IT与工程负担。

药物发现Cloud-HPC&AI正面临以下阻碍：
1 本地资源不足
2 计算过程慢
3 数据安全得不到保障
4 多地域、多部门协同困难

北鲲云超算平台轻松解决上述问题：

1 资源弹性溢出与调度解决本地资源不足的问题
自研并行文件系统使用1/3的成本获取更高的IO性能

2 通过拉拽公共/自定义算子，编排出支持大规模并行化的药物发现云平台，大大提高计算效率

3 研发运维双通道的安全网络 – 隔离非法访问，更有端到端的数据加密保障数据安全
多地域团队协同办公时，北鲲云可以为各地团队按需调用距离最近的云上资源，一个地域资源不足时，可以灵活地切换至临近地域地域，保障资源高可用性。

4 北鲲云平台通过了等保三级、GDPR等多项安全认证。

北鲲云
欢迎大家来试用北鲲云超算平台，体验云上高性能计算新引擎！

北鲲云_beikun
关注
专栏目录
博客
北鲲教程｜基于 ABAQUS 的 CFRP 加固钢筋混凝土柱承载能力分析
12-27 1751
大多数新用户可能比较在意的是费用标准，上图所示的是我经常使用的价位，对于一般的模型可以尝试使用特惠版的CPU类型，性价比较高，对于自由度规模较大的模型，可适当增加CPU的核心数，同时价位也会随之上升。运行模板中的Abaqus进行求解，结算结果如图所示，将计算的结果文件.odb文件传复制到H盘中，即可在文件传输界面中看到计算结果文件，下载后用于后处理，退出模板，释放节点，释放节点后，云计算会将所有计算文件清除。可以看出，三种计算工况的荷载-位移曲线的分布趋势大致相同，但承载能力的大小确有明显不同。
博客
CADD在云超算平台的运用
12-14 534
在云超算平台上，CADD可以利用高性能计算能力来进行大规模模拟和分析，提高药物设计的效率和准确性。例如，可以使用CADD来模拟药物分子与靶分子之间的相互作用，预测药物的活性和毒副作用，并优化药物分子的结构，以提高其治疗效果。总的来说，CADD在云超算平台上的应用可以帮助研究人员快速开发出更有效的药物，推动医药研发的进步。此外，CADD技术也受到数据质量和数据访问的限制，这可能对研究人员的工作造成一定的困难。缩短时间、自动编排、并行规模、整合拓展都是北鲲云CADD云平台能做到的，欢迎大家了解。
博客
在平台上便捷使用LS-DYNA的方式
12-12 1619
LS-DYNA ®由Livermore Software Technology Corporation (LSTC) 开发，是一种多用途的显式和隐式有限元和多物理场程序，用于分析结构的非线性响应；这里要注意的是，LS-DYNA为商业软件，无法在北鲲云平台上直接使用，需要授权，具体的操作方法可以询问我们的技术支持。Step 2. 将运行LS-DYNA需要的相关文件上传到该文件夹下，详情请查看Linux数据传输；Step 5. 查看作业内容汇总，并提交作业；Step 6. 通过作业管理查看运行中的作业；
博客
如何在云计算平台上完成分子对接
12-06 895
分子对接的基本原理就是把配体分子放在受体活性位点的位置，然后按照几何互补和能量互补的原则来实时评价配体与受体相互作用的优劣，最终找到这两个分子之间最佳的结合模式。分子对接分为刚性、半柔性和柔性对接。不同的对接软件又可以分为：商业软件和学术软件，而分子对接的计算结果，则体现为打分函数的不同。目前用的比较多的分子对接软件有：AutoDock、AutoDock Vina、LeDock、rDock，这些都是学术软件；商业软件有：Glide、GOLD、MOE Dock、Surflex-Dock、LigandFit、F
博客
在平台上使用Conda环境管理
12-05 617
Conda 是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统，用于安装多个版本的软件包及其依赖关系，并在它们之间轻松切换，Conda支持Python、R、 Ruby、 Lua、 Scala、 Java、 JavaScript、 C/ C++、 FORTRAN等多种语言。习惯使用Conda的同学可以在北鲲云超算平台上无门槛直接使用，无需安装或管理，平台也提供了更为方便的作业提交方式：如 模板提交等一. 使用北鲲云的Conda环境​#加载Anaconda3module add Anaconda3#查看Conda环境
博客
计算化学:如何在云平台上计算声子谱
11-30 756
内容摘自北鲲云五月份直播内容【声子谱的计算、后处理与分析实例】 另有文章【不同压强下ZnO的声子谱计算及其收敛性测试】可在发布的内容中查阅。或者直接出图： phonopy --dim=“2 2 1” -c POSCAR-unit -p name.conf -s。计算数据： phonopy --dim=“2 2 1” -c POSCAR-unit -p name.conf。具体的命令行可以在帮助手册中查询，这里平台使用的是Slurm作业管理系统及Linux传输。可选择的作业提交方式：模板提交/命令行提交。
博客
Maxwell 2D涡流场分析要点和心得 ，在北鲲云上快速开始Maxwell
11-29 640
早在今年五月，北鲲云超算平台邀请了平台用户——温老师为大家做直播分享，分享主题为Maxwell 2D涡流场分析要点和心得。
博客
利用Amber热力学积分计算相对自由能变化
11-24 841
将两个pdb文件（FEN.pdb和BEN.pdb）中同样位置的全部重原子，保存成同样的坐标，注意名字要和lib中的一样，放成一个lig.pdb，在下面的tleap过程中，tleap会自动根据lib文件将complex中的原子变成真实的样子，这样做是为了保证一样原子的位置完全一致，减少不必要的变量。对比两个去水后的文件，发现由于Amber重编号，突变的残基变为84位，此时使用check_diff_online.py，来保证不是突变的残基的位置都绝对一致，以允许进行TI过程。设置出发和结束原子。
博客
Jupyter notebook在超算平台上使用的详细教程
11-23 1643
Jupyter Notebook 的本质是一个 Web 应用程序，便于创建和共享文学化程序文档，支持实时代码，数学方程，可视化和 markdown。第五步，回到北鲲云控制台，上传所需文件，这里注意的是，一定要注意回到控制台上传，平台有文件同步功能，支持跨计算区同步文件。第四步，进入图形界面后，打开浏览器，输入localhost:8889,进入jupter notebook，这里可能需要等待10秒左右，等待后刷新后即可。富媒体格式包括：HTML，LaTeX，PNG，SVG等。第二步，选择图形界面并启动。
博客
高性能计算之Module环境变量管理工具
11-21 1525
注意事项: 建议不要同时module add多个软件，因为不同软件间可能是有冲突的。比较好的方式是module add一个或一组相互依赖的软件，软件运行完后运行module purge清除导入的环境，然后再导入另外一个或一组相互依赖的软件。Module是一款环境变量管理工具，北鲲云超算平台安装了许多公共软件，通过module实现软件环境变量的管理，快速加载和切换软件环境。用户只需加载模块即可使用平台的软件或依赖库。平台上预安装了部分常用软件，用户可通过module指令进行查看和加载使用。
博客
使用北鲲云在AWS上运行基因分析HPC任务
11-16 595
您需要选择数据存放相同的地域创建Workspace，选择相同地域的好处是数据在AWS EC2上和S3之间上传下载可以使用内网进行访问，速度更快而且更加安全。Workspace是北鲲云为您在AWS上创建的一片虚拟空间，对应了AWS的某个region，后续使用的AWS相关服务和资源都在这个region下进行配置。在这篇博文中，我们演示了如何使用北鲲云平台在AWS来提交基因分析任务。特别申明：北鲲云不会在未经用户授权的情况下访问用户的EC2，也不会获取用户的数据，用户在使用平台前需要签署电子版法律协议。
博客
Slurm作业管理系统常用命令和教程
11-15 2953
同时北鲲云超算平台也是使用的Slurm作业管理系统，熟悉slurm作业管理系统的同学可以快速上手北鲲云进行计算，不熟悉的也没关系，一是可以学，我们有完整的教程以及技术支持服务，另外就是平台还提供模板提交方式，无需it基础也可以快速进行计算。CPU分区命名规则为c-核心数-每核心内存大小，如c-8-4：表示单节点规格为8核，每核心有4G内存，即节点规格为8核32G。salloc命令可以用来分配节点，用户可以在获取分配的计算节点后，ssh进入直接运行相关计算程序，主要用来调式程序执行。二. 提交作业的方式​。
博客
GORMACS如何使用？一个方法快速完成动力学模拟计算
11-14 1478
命令行提交在管理节点使用SSH命令行创建动态集群，可以同时调用多种相同或者不同规格的计算节点，通过slurm作业调度系统提交作业计算，全程只需命令行操作。结构处理，文件上传，生成拓扑文件，定义单位盒子并填充溶剂，添加离子，体系能量最小化，NVT平衡，NPT平衡，动力学模拟成品模拟的部分可以到我们以前发布的文章中查看。GROMACS是一个功能强大的分子动力学的模拟软件，其在模拟大量分子系统的牛顿运动方面具有极大的优势。之前的教程非常详细的展示了如何用Gromacs进行动力学模拟，值得注意的是，
博客
一份简便的PyTorch教程，从不用自己配置环境开始。
11-10 1050
PyTorch 是一个 Python 优先的深度学习框架，也是使用 GPU 和 CPU 优化的深度学习张量库，能够在强大的 GPU 加速基础上实现张量和动态神经网络。在文件传输页面，点击“新建”上传文件或文件夹，您也可以进入到自定义目录，点击“新建”上传到自定义目录。想要在北鲲云上使用Pytorch还是很简单的，就像标题说的，不用自己配置环境，可以直接使用。第五步 使用sbatch命令提交作业，这里要提示的是，北鲲云使用的是slurm作业管理系统。或者是一些硬件上的问题，自己的电脑跑不动之类的。
博客
COMSOL在云平台的使用教程，超高效的方法来了
11-09 3202
在平台上使用图形界面提交超级简单，平台已内置模板，只需按照提示上传文件及选择选项即可，对于没有代码基础的同学来说，这是最推荐的方式。
博客
使用AlphaFold2进行蛋白质结构预测
11-07 2836
为什么这个文件不行？目前，AlphaFold2的源代码已经在GitHub上公开，而且现在科学家正在利用AlphaFold2对已有的蛋白数据库进行高通量的预测，建立了一些模式生物物种所有蛋白的AlphaFold2预测结构数据库（https://alphafold.ebi.ac.uk/）。可以看到，虽然利用AlphaFold2预测了这么多生物的数据库，但是并未覆盖所有的蛋白序列数据库，所以只有搭建本地的AlphaFold2服务，你才能用AlphaFold2随心所欲的预测自己研究蛋白的结构。
博客
只有一台笔记本，如何使用 GPU 进行深度学习
11-02 1098
在只有一台电脑的情况下，因为电脑配置问题，计算效率慢，工作效率慢，要如何才能在这种情况下快速经济的完成课题呢?
博客
只需一句话，在北鲲云上diffuse出一幅画
10-28 508
首先就是长x宽个RGB像素点.再是绘画中每一笔的位置、形状、颜色等多个方面的参数， 这里涉及到的参数组合是非常庞大的. 而深度模型训练的计算复杂度随着参数输入组合的增长。最关键的短语设置部分，text_prompts就是短语，0：是第一帧，如果是动画可以设置从哪一帧开始变风格，单个图片就设置一句就行。怎么设置好的确是门艺术，不过大概有场景描述就可以生成，有喜欢的艺术家也可以加上，还有时间，地点也可以。最近，AI绘画大热，我们所说的“AI绘画”的概念，指的是基于深度学习模型来进项自动作图的计算机程序。
博客
北鲲云超算药物发现云平台助力 CDDD/AIDD 提高工作效率
10-25 276
作为 CLOUD-HPC 的先行者，北鲲云 SaaS 平台在高性能计算领域中具备了强大的优势。北鲲云可在传统云服务平台的基础上，搭建更快、更自动化的数字化研发平台，帮助用户驱动云上高性能计算的 “新引擎”。这其中包括为 CADD/AIDD、EDA 芯片设计、CAE/CFD 等场景配置的可编排的垂直云平台；为提高工作效率自研的高 I/O 并行文件系统、大规模云资源并行调度及并行文件传输；北鲲云超算平台蛋白设计助推生物制药行业发展，交付因云而生的高性能软件，减轻科研人员的 IT 与工程负担。
博客
北鲲教程 | 基于扩展有限元的混凝土受力开裂计算分析
09-28 720
一个教程
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值