whole-genome-sequencing Data Analysis 学习笔记3: 测试数据及参考基因组的准备

test data

reference data:
hg19<-NCBI

GRCH37<-UCSC

ensembl 75<-ENSEMBL

download reference data:
.使用nohup在登出SSH会话后仍运行命令

nohup wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/bigZips/chromFa.tar.gz &
tar zvfx chromFa.tar.gz

遇到的问题是提示：nohup: 忽略输入并把输出追加到”nohup.out”

解决方案
nohup myprogram >myprogram.out 2>&1no

例：
nohup wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/bigZips/chromFa.tar.gz & tar zxvf chromFa.tar.gz > wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/bigZips/chromFa.tar.gz & tar zxvf chromFa.tar.gz 2>&1no

上面的问题在下列中就未出现
nohup wget -c -r -nd -np -k -L -p ftp://ftp.kobic.re.kr/pub/KPGP/2015_release_candidate/WGS/KPGP-00001 1>/dev/null 2>&1 &

正是后面的 1>/dev/null 2>&1 & 将输出定位到其他路径了

上面语句的解析：
wget后缀的其他用法

-c 断点续传

-r 递归下载，下载指定网页某一目录下（包括子目录）的所有文件

-nd 递归下载时不创建一层一层的目录，把所有的文件下载到当前目录

-np 递归下载时不搜索上层目录，如wget -c -r http://www.chenzei.com/junshi

没有加参数-np，就会同时下载path的上一级目录pub下的其它文件

-k 将绝对链接转为相对链接，下载整个站点后脱机浏览网页，最好加上这个参数

-L 递归时不进入其它主机，如wget -c -r www.chenzei.com/ 如果网站内有一个这样的链接：

www.chenzei.com，不加参数-L，就会像大火烧山一样，会递