数模学习day10-聚类模型

说明,本文部分图片和内容源于数学建模交流公众号

目录

K-means聚类算法

K-means聚类的算法流程:

图解

算法流程图

评价

K-means++算法

基本原则

算法过程

Spss软件操作

K-means算法的疑惑

系统(层次)聚类

算法流程

Spss操作

聚类谱系图(树状图)

用图形估计聚类的数量

小例子

处理数据

聚合系数折线图的画法

确定K后保存聚类结果并画图

示意图

DBSCAN算法

基本概念

Matlab代码


K-means聚类算法

K-means聚类的算法流程:

(1)指定需要划分的簇的个数K值(类的个数)
(2)随机地选择K个数据对象作为初始的聚类中心(不一定要是我们的样本点)
(3)计算其余的各个数据对象到这K个初始聚类中心的距离,把数据对象划归到距离它最近的那个中心所处在的簇类中
(4)调整新类并且重新计算出新类的中心
(5)循环步骤三和四,看中心是否收敛(不变),如果收敛或达到迭代次数则停止循环
(6)结束。GG

图解

算法流程图

评价

优点:
(1)算法简单、快速。
(2)对处理大数据集,该算法是相对高效率的。
缺点:
(1)要求用户必须事先给出要生成的簇的数目K。
(2)对初值敏感。
(3)对于孤立点数据敏感。


K-means++算法可解决2和3这两个缺点。


K-means++算法

只对K-means算法“初始化K个聚类中心” 这一步进行了优化

基本原则

k-means++算法选择初始聚类中心的基本原则是:

初始的聚类中心之间的相互距离要尽可能的远

算法过程

(1)随机选取一个样本作为第一个聚类中心;
(2)计算每个样本与当前已有聚类中心的最短距离(即与最近一个聚类中心的距离),这个值越大,表示被选取作为聚类中心的概率较大;最后,用轮盘法(依据概率大小来进行抽选)选出下一个聚类中心;
(3)重复步骤二,直到选出K个聚类中心。选出初始点后,就继续使用标准的K-means算法了。


Spss软件操作

这里简略的提到。


K-means算法的疑惑

(1)聚类的个数K值怎么定?
答:分几类主要取决于个人的经验与感觉,通常的做法是多尝试几个K值,看分成几类的结果更好解释,更符合分析目的等。
(2)数据的量纲不一致怎么办?
答:如果数据的量纲不一样,那么算距离时就没有意义。例如:如果X1单位是米,X2单位是吨,用距离公式计算就会出现“米的平方”加上“吨的平方”再开平方,最后算出的东西没有数学意义,这就有问题了。


系统(层次)聚类

系统聚类的合并算法通过计算两类数据点间的距离,对最为接近的两类数据点进行组合,并反复迭代这一过程,直到将所有数据点合成一类,并生成聚类谱系图。

算法流程

系统(层次)聚类的算法流程:
(1)将每个对象看作一类,计算两两之间的最小距离;
(2)将距离最小的两个类合并成一个新类;
(3)重新计算新类与所有类之间的距离;
(4)重复二三两步,直到所有类最后合并成一类;
(5)结束。

Spss操作

聚类谱系图(树状图)

谱系图是较新的Spss版本添加的功能
横轴表示各类之间的距离
(该距离经过了重新标度)
聚类的个数可以自己从图中决定。
Spss结果中还有一种图,被称为冰柱图,
目前已经很少用了。

用图形估计聚类的数量

肘部法则(Elbow Method):通过图形大致的估计出最优的聚类数量。

小例子

处理数据

把数据粘贴到Excel表格中,
并按照降序排好。

聚合系数折线图的画法

确定K后保存聚类结果并画图

示意图

注意:只要当指标个数为2或者3的时候才能画图,上面两个图纯粹是为了演示作图过程,实际上本例中指标个数有8个,是不可能做出这样的图的。


DBSCAN算法

        DBSCAN(Density-based spatial clustering of applicationswith noise)是Martin Ester, Hans-PeterKriegel等人于1996年提出的一种基于密度的聚类方法,聚类前不需要预先指定聚类的个数,生成的簇的个数不定(和数据有关)。该算法利用基于密度的聚类的概念,即要求聚类空间中的一定区域内所包含对象(点或其他空间对象)的数目不小于某一给定阈值。该方法能在具有噪声的空间数据库中发现任意形状的簇,可将密度足够大的相邻区域连接,能有效处理异常数据。

DBSCAN:具有噪声的基于密度的聚类方法

谁和我挨的近,我就是谁兄弟
兄弟的兄弟,也是我的兄弟

基本概念

DBSCAN算法将数据点分为三类:
核心点:在半径Eps内含有不少于MinPts数目的点
边界点:在半径Eps内点的数量小于MinPts,但是落在核心点的邻域内
噪音点:既不是核心点也不是边界点的点

        在这幅图里,MinPts = 4,点A 和其他红色点是核心点,因为它们的ε-邻域(图中红色
圆圈)里包含最少4 个点(包括自己),由于它们之间相互相可达,它们形成了一个聚类。点B 和点C 不是核心点,但它们可由A 经其他核心点可达,所以也和A属于同一个聚类。点N 是局外点,它既不是核心点,又不由其他点可达。

这个网站可以可视化该算法

可视化 DBSCAN 群集 (naftaliharris.com)

Matlab代码

Matlab官网推荐下载的代码:

DBSCAN Clustering Algorithm - File Exchange - MATLAB Central (mathworks.cn)

注意,MATLAB在2019a版本中正式加入了自己的dbscan函数,内置函数的运行效率
更高,具体使用方法可以查看:

Density-based spatial clustering of applications with noise (DBSCAN) - MATLAB dbscan - MathWorks 中国
也可以看这个推文:

更高效的Dbscan聚类算法 (qq.com)

main.m

%
% Copyright (c) 2015, Yarpiz (www.yarpiz.com)
% All rights reserved. Please read the "license.txt" for license terms.
%
% Project Code: YPML110
% Project Title: Implementation of DBSCAN Clustering in MATLAB
% Publisher: Yarpiz (www.yarpiz.com)
% 
% Developer: S. Mostapha Kalami Heris (Member of Yarpiz Team)
% 
% Contact Info: sm.kalami@gmail.com, info@yarpiz.com
%

clc;
clear;
close all;

%% Load Data

load mydata;


%% Run DBSCAN Clustering Algorithm

epsilon=0.5;
MinPts=10;
IDX=DBSCAN(X,epsilon,MinPts);


%% Plot Results
% 如果只要两个指标的话就可以画图啦
PlotClusterinResult(X, IDX);
title(['DBSCAN Clustering (\epsilon = ' num2str(epsilon) ', MinPts = ' num2str(MinPts) ')']);

DBSCAN.m

%
% Copyright (c) 2015, Yarpiz (www.yarpiz.com)
% All rights reserved. Please read the "license.txt" for license terms.
%
% Project Code: YPML110
% Project Title: Implementation of DBSCAN Clustering in MATLAB
% Publisher: Yarpiz (www.yarpiz.com)
% 
% Developer: S. Mostapha Kalami Heris (Member of Yarpiz Team)
% 
% Contact Info: sm.kalami@gmail.com, info@yarpiz.com
%

function [IDX, isnoise]=DBSCAN(X,epsilon,MinPts)

    C=0;
    
    n=size(X,1);
    IDX=zeros(n,1);  % 初始化全部为0,即全部为噪音点
    
    D=pdist2(X,X);
    
    visited=false(n,1);
    isnoise=false(n,1);
    
    for i=1:n
        if ~visited(i)
            visited(i)=true;
            
            Neighbors=RegionQuery(i);
            if numel(Neighbors)<MinPts
                % X(i,:) is NOISE
                isnoise(i)=true;
            else
                C=C+1;
                ExpandCluster(i,Neighbors,C);
            end
            
        end
    
    end
    
    function ExpandCluster(i,Neighbors,C)
        IDX(i)=C;
        
        k = 1;
        while true
            j = Neighbors(k);
            
            if ~visited(j)
                visited(j)=true;
                Neighbors2=RegionQuery(j);
                if numel(Neighbors2)>=MinPts
                    Neighbors=[Neighbors Neighbors2];   %#ok
                end
            end
            if IDX(j)==0
                IDX(j)=C;
            end
            
            k = k + 1;
            if k > numel(Neighbors)
                break;
            end
        end
    end
    
    function Neighbors=RegionQuery(i)
        Neighbors=find(D(i,:)<=epsilon);
    end

end



PlotClusterinResult.m

%
% Copyright (c) 2015, Yarpiz (www.yarpiz.com)
% All rights reserved. Please read the "license.txt" for license terms.
%
% Project Code: YPML110
% Project Title: Implementation of DBSCAN Clustering in MATLAB
% Publisher: Yarpiz (www.yarpiz.com)
% 
% Developer: S. Mostapha Kalami Heris (Member of Yarpiz Team)
% 
% Contact Info: sm.kalami@gmail.com, info@yarpiz.com
%

function PlotClusterinResult(X, IDX)

    k=max(IDX);

    Colors=hsv(k);

    Legends = {};
    for i=0:k
        Xi=X(IDX==i,:);
        if i~=0
            Style = 'x';
            MarkerSize = 8;
            Color = Colors(i,:);
            Legends{end+1} = ['Cluster #' num2str(i)];
        else
            Style = 'o';
            MarkerSize = 6;
            Color = [0 0 0];
            if ~isempty(Xi)
                Legends{end+1} = 'Noise';
            end
        end
        if ~isempty(Xi)
            plot(Xi(:,1),Xi(:,2),Style,'MarkerSize',MarkerSize,'Color',Color);
        end
        hold on;
    end
    hold off;
    axis equal;
    grid on;
    legend(Legends);
    legend('Location', 'NorthEastOutside');

end

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