【Cellrank】1-cellrank without RNA velocity

已于 2022-11-26 22:35:04 修改
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分类专栏： 拟时序分析 文章标签： r语言
于 2022-11-23 15:00:56 首次发布
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/DerekRusso/article/details/128000520
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基于转录组成熟mRNA的算法，以monocle2为代表，其结果被相当广泛的误读了。出现在一头一尾不代表必然从root分化到branch，而且目前来看monocle支持的lineage structure相对少，推断结构也不具有方向性。

目前来看以cellrank为代表的RNAvelocity方法有其进步性。除了 complete pipeline from bam file，cell rank 也可接受pseudotime、相似性等矩阵作为input，减轻了步骤计算压力。

官方教程https://cellrank.readthedocs.io/en/stable/beyond_rna_velocity.html

DerekRusso
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