利用DPARSF预处理医学影像

DPARSF是国内的严超赣团队开发的一个基于matlab的用于处理神经科学医学影像的工具包，因为是基于matlab和spm运行的，所以需要实现安装matlab，再下载spm并载入matlab的设置路径。载入路径的时候最好选择“添加并包含子文件夹”，这样不容易出错。

1.确认数据格式

如果使用的是.dcm格式的文件，此项打勾，意思是把dcm格式的文件转换为nii格式。如果数据本身是nii数据（NIFTI)，此项勾选先取消。
2.选择文件路径

这里的路径要选择不包含“FuncImg"的，即FuncImg文件夹的上一级，否则会提示

数据存放位置：分为功能像数据和结构像数据，以“FuncImg”和“T1Img"命名，这两个文件夹下面分别包含n个子文件夹，代表n个被试，分别以sub_001,sub_002…命名。
选择“去除前10个时间点”时功能影像的时间点会减少10个，即文件夹中存储的数据会发生变化，需要提前备份。同理，如果运行过程中遇到报错，需要重新运行的时候，要检查功能影像的时间点是否已经发生变化，如果有变化需要重新载入数据替换掉发生变化的数据，不然会出错。
3.时间片校正（Slice Timing)中：

Slice number(层数):功能像中的层数
Slice Order （扫描方式），一般是隔行扫描，输入1:2:37,2:2:36，代表以1为起点，步长为2，终点是37，先扫奇数层，同理然后是偶数层。

4.之后的选项无需改动，需要哪个方面的结果，就在对应选项上打勾即可。必要的话根据需要自己做调整。
各个选项的大致含义：
Realign:头动校正
T1 Coreg to Fun:T1结构像配准到功能像
模板那个选项一般选择欧洲人（European),原因是亚洲人模板目前不太完善。
Nuisance Covariates Regression:去除无关信号
Filter:滤波
Normalize:标准化到MNI标准空间
Extract ROI time courses:提取功能像时间序列
Smooth:平滑

5.运行，点击右下角的“Run”开始运行。处理过程中会有弹窗，是正常现象，静静等待即可。

有一处弹窗需要用户手动选择原点位置，调整红色十字将原点设置在前联合附近即可。（如图）

6.结果查看
最后生成一系列文件夹。
功能像文件夹中，不同的后缀代表相对应的含义。
其中A表示时间层校正、R表示头动校正、W表示标准化、S表示平滑、D表示去线性漂移、F表示滤波、C表示去除无关变量。

结构像文件夹中，结果存放于T1ImgNewSegment文件夹下，里面有4个nii格式的文件，wc1，wc2,wc3开头的文件分别代表灰质、白质和脑脊液。w开头的代表标准化后的全脑图像。

附：
这是我用dparsf处理一批数据的界面，里面的功能自行选择即可。

这是生成的结果文件夹，初始文件夹有FuncRaw和T1Img两个，这两个文件夹下的子文件夹为sub001,sub002…一系列被试文件夹。每个被试文件夹下有一个对应模态的nii文件。

参考资料：
参考资料1
参考资料2