安装TEtranscripts 出现的一些问题

1. 安装python
2. 安装anaconda

wget https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/archive/Anaconda3-2022.10-Linux-x86_64.sh --no-check-certificate

bash Anaconda3-2022.10-Linux-x86_64.sh

conda config --set auto_activate_base False

3. 安装pysam

sudo apt install python3-pip

pip3 install pysam

4. 下载源代码

git clone https://github.com/mhammell-laboratory/TEtranscripts

5. python 安装代码，有的系统里，这一步会把软件安装到 /home/username/.local/ 里，因为指明了–user, 但是这个路径不在系统路径里，导致程序无法正常运行。

python3 setup.py install --user

6. 把–user 路径加入系统路径

export PATH="$HOME/.local/bin:$PATH"

7. 搞定了，感动哭了

TEtranscripts -h