TEtranscripts关于TE的差异分析

猛码先生

已于 2022-09-30 14:24:11 修改

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文章标签： java 开发语言

于 2022-09-26 21:53:52 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/m0_46336667/article/details/127061756

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1、首先上github链接

GitHub - mhammell-laboratory/TEtranscripts: A package for including transposable elements in differential enrichment analysis of sequencing datasets.

2、解释说明：这个包是A package for including transposable elements in differential enrichment analysis of sequencing datasets.

可以用于RNA-seq的TE差异分析

3、下载安装

git clone https://github.com/mhammell-laboratory/TEtranscripts

cd TEtranscripts python

setup.py install --user

4、准备文件

treatment组的bam文件（bam最好通过star比对完）

control组的bam文件

gene的GTF注释

TE的GTF注释

GTF可以到网站下载Software - Hammell Lab

Index of /shares/mhammelllab/www-data/TEtranscripts/TE_GTF

5、代码

TEtranscripts --mode multi \
              -t ./treatment1.bam ./treatment2.bam \
              -c ./control1.bam ./control2.bam \
              --GTF ./genome_reference/human/gene/gencode.v36.annotation.gtf \
              --TE ./genome_reference/human/TF/hg38_rmsk_TE.gtf \
              --project TEtranscripts_out
             # --sortByPos 如果bam文件sorted 需要加入这个参数
#--mode 默认是multi
#-t 处理组的bam文件
#-c control组的bam文件
#--GTF genic-GTF-file 基因组注释GTF
#--TE TE-GTF-file TE注释的GTF
#--project 输出文件output files目录的名字 默认是TEtranscripts_out