TEcount关于TE的计数

最新推荐文章于 2024-01-05 10:05:55 发布

猛码先生

最新推荐文章于 2024-01-05 10:05:55 发布

阅读量339

点赞数

文章标签：知识图谱

本文链接：https://blog.csdn.net/m0_46336667/article/details/127062123

版权

1、TEcount可以进行TE的具体计数

2、安装TEanalysis可以看之前的文章,以及GTF的文件下载，参考

TEtranscripts关于TE的差异分析_猛码先生的博客-CSDN博客

3、具体参数

TEcount --mode multi \
              -b ./04rsem/XC-1_L2_375375_result.transcript.bam \
              --GTF ./genome_reference/human/gene/gencode.v36.annotation.gtf \
              --TE ./genome_reference/human/TF/hg38_rmsk_TE.gtf \
              --project 05TEcount

#--mode 默认是multi,如果选择uniq模式，mutil-alignments的reads就会被丢弃不用于计数
#-b bam文件
#--GTF genic-GTF-file 基因组注释GTF
#--TE TE-GTF-file TE注释的GTF
#--project 输出文件output files目录的名字 默认是TEtranscripts_out