非因解读 | DSP空间转录组技术解析非小细胞肺癌脑转移机制

脑转移(BrMs)是中枢神经系统(CNS)恶性肿瘤的主要组成部分，其中肺癌占所有脑转移的50%左右。一旦癌症扩散到大脑(肺癌晚期的常见事件)，治疗方案就非常有限，且BrMs患者的5年生存期< 5%。肿瘤微环境(TME)在促进癌细胞迁移和侵袭基底膜以启动转移，并促进癌细胞在转移部位的定植和生长方面起着至关重要的作用。脑转移位(或肿瘤支持的TME)的存在，维持了患者体内转移癌细胞的存活。鉴于BrMs高发率和高死亡率的普遍性，迫切需要确定患者分层的预后生物标志物，干预的治疗靶点，以及治疗反应的基因组和转录组相关性。然而，对脑转移相关分子和细胞基础的不完全了解，阻碍了相关临床难题的解决。

因此，为了了解非小细胞肺癌脑转移的转移机制，以指导预后和治疗，2022年10月 韦仕敦大学病理学和检验医学系Qi Zhang团队在《Nature Communications》（ IF= 17.694）杂志上发表题为“The spatial transcriptomic landscape of non-small cell lung cancer brain metastasis”的研究性论文（图1）。本文应用数字化空间分析技术（DSP），对44例非小细胞肺癌患者的原发性和转移性肿瘤标本进行空间全转录分析，用肿瘤核心、肿瘤免疫微环境(TIME)和肿瘤脑微环境(TBME)的形态学标记（PanCK：肿瘤上皮细胞、CD45：免疫细胞、GFAP：脑细胞）绘制完整的转移转录组图谱。研究表明，大脑中的肿瘤微环境(TME)，包括TIME和TBME的广泛重塑，为BrMs创建一个免疫抑制和纤维化的生态位。该研究除了对肺癌脑转移机制提供系统层面的见解外，还揭示了潜在的预后生物标志物，并建议根据BrMs的免疫和纤维化状态调整治疗策略。

图1

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研究亮点

对肿瘤bulk分析和传统的单细胞测序会导致肿瘤微环境中细胞位置信息的丢失，从而忽略肿瘤和TME的异质性。数字化空间分析技术（DSP）可以对肿瘤和TME进行空间表征。本文中，研究团队应用DSP数字空间全转录组（WTA，whole-transcriptome atlas）技术对一组NSCLC患者队列，绘制原发性和转移性肿瘤的转录组图谱，并对产生的空间转录组数据进行综合分析࿰