山大公开课学习笔记3

软件预测蛋白质二级结构

通过氨基酸序列，预测蛋白质二级结构
常用软件：
PSIPRED、Jpred3、PREDICTPROTEIN、SSpro、PSSpred、PREDATOR、GOR V

蛋白质的三级结构

测定主要方法：X射线衍射法、核磁共振法（分子量小的蛋白质）等
PDB检索，或Advanced search

蛋白质三级结构可视化软件

Pymol、VMD（免费）、Maestro、CanvasMol

计算方法预测三级结构

1. 从头计算法 ab initio
2. 同源建模法 homolog modeling（software: SWISS MODEL）（目前最准确的方法）
原理：相似的aa序列对应着相似的蛋白质结构。
步骤：（1）寻找与目标序列有着30%以上一致度的模板；（2）为目标序列与模板序列（可为多条）创建序列比对，通常比对软件自动创建的序列比对需要进一步人工校正；（3）根据创建的序列比对，用同源建模软件预测结构模型；（4）模型质量评估
若一致度达到30%，模型准确度可达到80%，模型可用于寻找功能位点以及推测功能关系等；
若一致度达到50%，模型准确度可达到95%，根据模型可设计定点突变实验、晶体结构置换、辅助完成真实结构的测定；
若一致度达到70%，基本认为模型完全代表真实结构，可用于虚拟筛选、分子对接、药物设计
小概率事件：两个序列

3. 穿线法 threading（software: I-TASSER）
（1）原理：不相似的aa序列也可以对应相似的蛋白质结构（已知蛋白质结构约10W个，其所具有的结构拓扑只有1393个，自2008年没有新的拓扑结构产生），将目标序列像线一样穿在已知拓扑结构中的
综合法 ensemble method