RDKit安装和使用

RDKit是一款开源的化学信息学与机器学习工具包,提供C++和Python API接口。本文介绍了通过Conda安装RDKit的步骤,包括激活环境的方法,并展示了如何测试安装成功,如绘制分子图像。
摘要由CSDN通过智能技术生成

写在前面的话

Rdkit 是干个什么呢,RDkit 是一款开源化学信息学与机器学习工具包,提供C++ 和python 的API 接口。

为什么要玩这个呢,你猜猜~


不正经的正文

具体地安装的方式都在这里https://github.com/rdkit/rdkit/blob/master/Docs/Book/Install.md

英文OK的话就直接安装吧,一路畅到底。

安装RDKit 的时候可以使用Conda 安装

$ conda create -c rdkit -n my-rdkit-env rdkit

之后你要激活它才可以使用

激活的方法:

$ conda activate my-rdkit-env

如果不行的话就用下面的几招解决:

    $ echo ". /home/chicho/tools/miniconda2/etc/profile.d/conda.sh" >>
`solving environment unsuccessful` 是在使用conda等包管理器安装包时可能会遇到的一个错误信息,通常意味着包管理器在尝试解析依赖关系时遇到了问题。RDKit是一个开源的化学信息学和机器学学习工具包,安装它时可能会出现这个错误,这可能是因为以下几个原因: 1. 网络问题:在安装过程中,conda需要从网上下载RDKit及其依赖的包。如果网络连接不稳定,可能会导致下载失败或中断,从而无法正确解决环境。 2. 版本冲突:RDKit可能与其他已安装的包存在版本冲突。包管理器需要找到一个兼容所有依赖项的包版本组合,这在某些情况下可能无法做到。 3. 镜像源问题:如果使用的镜像源中没有所需的包或者包版本不全,也可能导致解决环境失败。 为了解决这个问题,你可以尝试以下几个步骤: 1. 检查网络连接,并确保conda可以访问网络资源。 2. 使用conda-forge通道安装RDKit,因为conda-forge通常有更新的包版本。可以通过以下命令添加conda-forge通道并安装RDKit: ``` conda config --add channels conda-forge conda install rdkit ``` 3. 确保你的conda是最新版本,可以通过`conda update conda`来更新。 4. 如果问题依旧存在,可以尝试清理conda缓存,使用以下命令: ``` conda clean --all ``` 5. 另外,可以尝试创建一个新的环境来安装RDKit,以避免已有环境中的依赖冲突: ``` conda create -n new_env_name rdkit conda activate new_env_name ``` 6. 如果安装的是RDKit的开发版本,确保你有适当的开发工具和依赖库。
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