Python中的RDkit包,是将化学与机器学习联系起来的、非常实用的库。可以在很多种化学文件如mol2,mol,Smiles,sdf等之间互相转化,并能将其展示成2D、3D等形式供开发人员使用。
1.生成描述:2D分子
from rdkit.Chem import AllChem
import rdkit.Chem
from rdkit.Chem import Draw
template = rdkit.Chem.MolFromSmiles('COc1cccc2cc(C(=O)NCCCCN3CCN(c4cccc5nccnc54)CC3)oc21')
tmp=AllChem.Compute2DCoords(template)
Draw.MolToFile(template,'1.png')
2.最大公共子结构
它返回一个MCSResult实例,其中包含有关MCS中原子和键数的信息,与已识别的MCS匹配的SMARTS字符串,以及一个表示算法是否超时的标志。如果没有找到MCS,则原子和键的数量设置为0,SMARTS设置为''
。