【科研绘图系列】R语言绘制论文组图(multiple plots)

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介绍

一个用于分析和可视化博茨瓦纳婴儿微生物组研究(Botswana Infant Microbiome Study)中呼吸道病毒和细菌数据的R脚本。代码的主要目的是生成论文中的Figure 1,包括三个子图(a、b、c),并保存相关的数据和图表。

代码结构和功能

  1. 初始化和数据加载

    • 清除环境变量并设置随机种子,确保结果的可重复性。
    • 加载必要的R包,包括phyloseqtidyverseggplot2等,用于数据处理和可视化。
    • 定义颜色主题,使用wesandersonRColorBrewer包生成颜色调色板,用于图表的美观。
  2. 数据预处理

    • 从CSV和RDS文件中加载元数据和
### Matlab 中在同一形窗口绘制多个散点 为了实现在同一形窗口内展示多个散点的效果,可以利用 `subplot` 函数来创建子布局或将不同数据集通过 `hold on` 命令叠加到同一个坐标轴上。下面介绍两种方法: #### 方法一:使用 subplot 创建子 这种方法允许在一个形窗口中排列多个独立的小表。 ```matlab % 定义三随机数作为示例数据 dataSet1_x = randn(100, 1); dataSet1_y = randn(100, 1); dataSet2_x = randn(100, 1)*2; dataSet2_y = randn(100, 1)+5; figure; % 新建一个形对象 subplot(1, 2, 1); % 设置当前绘图为第一个位置上的子 scatter(dataSet1_x, dataSet1_y,'filled'); % 绘制填充样式的第一散点 title('First Scatter Plot'); xlabel('X Axis Label'); ylabel('Y Axis Label'); subplot(1, 2, 2); % 切换至第二个位置继续绘图 scatter(dataSet2_x, dataSet2_y,'r','filled'); % 使用红色填充样式的第二 title('Second Scatter Plot with Different Scale'); xlabel('Another X Axis'); ylabel('Another Y Axis'); ``` 此代码片段展示了如何在单个形窗口里并排放置两个具有不同尺度范围的散点[^1]。 #### 方法二:使用 hold on 叠加散点 当希望所有的散点都共享相同的坐标系时,则可采用这种方式,在原有基础上追加新的散点系列而不清除之前的像。 ```matlab % 清除旧以便重新开始 clf; % 预定义颜色向量用于区分各数据点的颜色 colors = lines(length(dataSets)); for i=1:length(dataSets) scatter(dataSets{i}.x, dataSets{i}.y,... 'MarkerFaceColor', colors(i,:), ... 'MarkerEdgeColor','k',... 'LineWidth',1.5); if i==1 hold on;% 开启保持模式使得后续命令不会覆盖现有内容 end end legend({'Dataset A', 'Dataset B'},'Location','BestOutsidePlot') ; grid minor; xlabel('Common X-axis Title'); ylabel('Common Y-axis Title'); title('Multiple Overlaid Scatter Plots Within One Axes'); hold off;% 关闭保持状态恢复默认行为 ``` 上述脚本实现了将多二维离散数据点集合呈现在统一视窗内的效果,并且每种类型的样本均采用了不同的色彩加以区别。
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