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介绍
一个用于分析和可视化博茨瓦纳婴儿微生物组研究(Botswana Infant Microbiome Study)中呼吸道病毒和细菌数据的R脚本。代码的主要目的是生成论文中的Figure 1,包括三个子图(a、b、c),并保存相关的数据和图表。
代码结构和功能
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初始化和数据加载
- 清除环境变量并设置随机种子,确保结果的可重复性。
- 加载必要的R包,包括
phyloseq
、tidyverse
、ggplot2
等,用于数据处理和可视化。 - 定义颜色主题,使用
wesanderson
和RColorBrewer
包生成颜色调色板,用于图表的美观。
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数据预处理
- 从CSV和RDS文件中加载元数据和