Mothur4_评估错误率

本文主要介绍生物信息学软件 Mothur评估错误率。

Mothur评估错误率

测量自己序列的错误率，是在有了一个模拟群落的共同序列后才能做的事情。提供的序列的每95个样本，都做了同样的工作(This is something we include for every 95 samples we sequence)。我们也应该如此，因为它可以帮助衡量错误率，了解项目进展情况（allow you to see how well your curation is going）以及测序设置是否有问题。首先使用get.groups命令从“Mock”样本中提取序列：

注意：如果在Windows机器上运行此分析，由于make.file命令创建组名的方式，Mock组名可能会大写，需要设置groups=MOCK。

mothur>get.groups(count=stability.trim.contigs.good.unique.good.filter.unique.precluster.denovo.vsearch.pick.pick.count_table,fasta=stability.trim.contigs.good.unique.good.filter.unique.precluster.pick.pick.fasta, groups=Mock)

从以上结果看出，Mock样本中有64个唯一序列，总共4048个序列。现在可以使用seq.error命令来测量错误率：

mothur>seq.error(fasta=stability.trim.contigs.good.unique.good.filter.unique.precluster.pick.pick.pick.fasta,count=stability.trim.contigs.good.unique.good.filter.unique.precluster.denovo.vsearch.pick.pick.pick.count_table, reference=HMP_MOCK.v35.fasta, aligned=F)

结果显示错误率是0.0065％。现在可以将序列聚类到OTU中，以查看有多少个伪OTU：

mothur>dist.seqs(fasta=stability.trim.contigs.good.unique.good.filter.unique.precluster.pick.pick.pick.fasta, cutoff=0.03)

mothur>cluster(column=stability.trim.contigs.good.unique.good.filter.unique.precluster.pick.pick.pick.dist,count=stability.trim.contigs.good.unique.good.filter.unique.precluster.denovo.vsearch.pick.pick.pick.count_table)

mothur>make.shared(list=stability.trim.contigs.good.unique.good.filter.unique.precluster.pick.pick.pick.opti_mcc.list,count=stability.trim.contigs.good.unique.good.filter.unique.precluster.denovo.vsearch.pick.pick.pick.count_table, label=0.03)

mothur>rarefaction.single(shared=stability.trim.contigs.good.unique.good.filter.unique.precluster.pick.pick.pick.opti_mcc.shared)

此命令字符串将生成一个名为stability.trim.contigs.good.unique.good.filter.unique.precluster.pick.pick.pick.opti_mcc.groups.rarefaction的文件。打开它会看到，对于4048个序列，有35个来自Mock群落的OTU。这个数字当然包括一些没有被检测到的隐形嵌合体。如果使用3000个序列，则大约有31个OTU。在没有嵌合体且无测序错误的完美世界中，将拥有20个OTU。

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转载自原创文章：

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