Mothur5_开始分析_OTUs、ASVs聚类与系统发育构建

本文主要介绍生物信息学软件 Mothur进行给OTUs、ASVs分配序列以及进行系统发育工作。

Mothur分析

到了可以分析数据的时候了。想做两件事——给OTUs、ASVs分配序列以及进行系统发育工作。首先使用remove.group命令从数据集中删除Mock样本：

mothur>remove.groups(count=stability.trim.contigs.good.unique.good.filter.unique.precluster.denovo.vsearch.pick.pick.count_table,fasta=stability.trim.contigs.good.unique.good.filter.unique.precluster.pick.pick.fasta,taxonomy=stability.trim.contigs.good.unique.good.filter.unique.precluster.pick.pds.wang.pick.taxonomy, groups=Mock)

01OTUs

现在有两个选项可以将序列聚类到OTUs中。对于像这样的小型数据集，可以使用dist.seqs和cluster执行传统方法：

mothur>dist.seqs(fasta=stability.trim.contigs.good.unique.good.filter.unique.precluster.pick.pick.pick.fasta,cutoff=0.03)

聚类stability.trim.contigs.good.unique.good.filter.unique.precluster.pick.pick.pick.dist

mothur>cluster(column=stability.trim.contigs.good.unique.good.filter.unique.precluster.pick.pick.pick.dist,count=stability.trim.contigs.good.unique.good.filter.unique.precluster.denovo.vsearch.pick.pick.pick.count_table)

另一种选择是使用cluster.split命令。在这种方法中，使用分类学信息将序列分为多个bin，然后在每个bin中进行聚类。在测试中，对纲和属水平数据进行拆分时得到的MCC值分别在整个测试数据集中的98.0%和93.0%以内。MCC值的下降导致OTU的形成量分别比整个数据集多4.7%和22.5%。聚类分裂启发式的使用可能不值得在聚类质量上损失。然而，随着数据规模的增大，可能需要使用启发式算法将数据聚类成OTUs。Cluster.split方法的优点是它应该更快，占用内存更少，并且可以在多个处理器上运行。在理想的世界中更喜欢传统路线，因为“Trad is rad”，但也认为这种幽默很有趣……在此命令中使用taxlevel=4，它对应于Order的级别。

mothur>cluster.split(fasta=stability.trim.contigs.good.unique.good.filter.unique.precluster.pick.pick.pick.fasta,count=stability.trim.contigs.good.unique.good.filter.unique.precluster.denovo.vsearch.pick.pick.pick.count_table,taxonomy=stability.trim.contigs.good.unique.good.filter.unique.precluster.pick.pds.wang.pick.pick.taxonomy, splitmethod=classify,taxlevel=4,cutoff=0.03)

接下来想知道每个组中每个OTU中有多少序列，可以使用make.shared命令来完成。在这里将Mothur的阈值设置为0.03：

mothur>make.shared(list=stability.trim.contigs.good.unique.good.filter.unique.precluster.pick.pick.pick.opti_mcc.list,count=stability.trim.contigs.good.unique.good.filter.unique.precluster.denovo.vsearch.pick.pick.pick.count_table, label=0.03)

可能还想知道每个OTU的taxonomy，可以使用classify.otu命令获得每个OTU的共同的物种分类：

mothur>classify.otu(list=stability.trim.contigs.good.unique.good.filter.unique.precluster.pick.pick.pick.opti_mcc.list,count=stability.trim.contigs.good.unique.good.filter.unique.precluster.denovo.vsearch.pick.pick.pick.count_table,taxonomy=stability.trim.contigs.good.unique.good.filter.unique.precluster.pick.pds.wang.pick.pick.taxonomy, label=0.03)

stability.trim.contigs.good.unique.good.filter.unique.precluster.pick.pick.pick.opti_mcc.0.03.cons.taxonomy被打开后可以看到类似如下的文件：

这表明在样本中观察到Otu008一共5337次，并且所有序列（100％）都被归类为Alistipes（另枝菌属）的成员。

02ASVs

OTU通常表示彼此之间相差不超过3％的序列。相反，如果序列彼此不同，ASVs（又称ESVs）会努力将它们区分为不同的OTU。这种方法存在将同一基因组中的操纵子分离成单独的ASV的可能性以及ASV通常是一组相互间隔一个或两个碱基的序列（There are challenges with this approach including the possibility of separating operons from the same genome into separate ASVs and that an ASV is typically really a cluster of sequences that are one or two bases apart from each other.），但仍有人迎难而上。Mothur中内置的用于识别ASV的方法是pre.cluster。将序列聚类为ASV，然后删除嵌合体和污染物序列。可以使用make.shared命令将用于形成OTU的fasta和count_table文件转换为共享文件。

mothur>make.shared(count=stability.trim.contigs.good.unique.good.filter.unique.precluster.denovo.vsearch.pick.pick.pick.count_table)

这会产生一个共享和列表文件。可以使用的共享文件就像形成OTU或phylotypes的共享文件一样。可以使用列表文件为每个ASV生成共同的物种（consensus taxonomy）。

mothur>classify.otu(list=stability.trim.contigs.good.unique.good.filter.unique.precluster.denovo.vsearch.pick.pick.pick.asv.list,count=stability.trim.contigs.good.unique.good.filter.unique.precluster.denovo.vsearch.pick.pick.pick.count_table,taxonomy=stability.trim.contigs.good.unique.good.filter.unique.precluster.pick.pds.wang.pick.pick.taxonomy, label=asv)

03Phylotypes

对于某些分析，可能希望根据它们的分类学分类将序列分类到phylotypes。可以使用phylotype命令：

mothur>phylotype(taxonomy=stability.trim.contigs.good.unique.good.filter.unique.precluster.pick.pds.wang.pick.pick.taxonomy)

与cluster/cluster.split相比，phylotype的临界值编号略有不同。这里列出了1到6，分别对应从属到界的水平。因此，如果需要genus级别的共享文件，可以执行以下操作：

mothur>make.shared(list=stability.trim.contigs.good.unique.good.filter.unique.precluster.pick.pds.wang.pick.pick.tx.list,count=stability.trim.contigs.good.unique.good.filter.unique.precluster.denovo.vsearch.pick.pick.pick.count_table, label=1)

如果还想知道这些OTU的物种注释，则可以在phylotypes上运行classify.otu：

mothur>classify.otu(list=stability.trim.contigs.good.unique.good.filter.unique.precluster.pick.pds.wang.pick.pick.tx.list,count=stability.trim.contigs.good.unique.good.filter.unique.precluster.denovo.vsearch.pick.pick.pick.count_table,taxonomy=stability.trim.contigs.good.unique.good.filter.unique.precluster.pick.pds.wang.pick.pick.taxonomy, label=1)

04Phylogenetic

如果对使用依赖于系统发育树的方法（例如计算系统多样性或unifrac命令）感兴趣，则需要生成树。随着序列数量的增加，此过程变得不稳定。以下是如何使用dist.seqs和clearcut：

mothur>dist.seqs(fasta=stability.trim.contigs.good.unique.good.filter.unique.precluster.pick.pick.pick.fasta, output=lt, processors=8)

mothur>clearcut(phylip=stability.trim.contigs.good.unique.good.filter.unique.precluster.pick.pick.pick.phylip.dist)

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