LDSC分析--从下载到实现操作

一.下载

git clone https://github.com/bulik/ldsc.git
cd ldsc
conda env create --file environment.yml
source activate ldsc

 可以输入以下命令来检测是否安装成功

./ldsc.py -h
./munge_sumstats.py -h

./ldsc.py -h 测试结果一部分截图 

 

我遇到的问题及解决办法看我上一篇文章

二.操作

参考

https://gwaslab.org/2021/03/29/ld-score-regression/

https://cloud.tencent.com/developer/article/2078560

 数据下载参考链接

https://blog.csdn.net/m0_75255003/article/details/136133965?ops_request_misc=&request_id=&biz_id=102&utm_term=LDSC%E5%88%86%E6%9E%90%E6%95%B0%E6%8D%AE%E4%B8%8B%E8%BD%BD&utm_medium=distribute.pc_search_result.none-task-blog-2~all~sobaiduweb~default-1-136133965.142^v100^pc_search_result_base4&spm=1018.2226.3001.4187这篇文章可以下载LDSC官网的数据

我遇到的问题：

./munge_sumstats.py \
--sumstats pgc.bip.full.2012-04.txt \
--N 11810 \
--out bip \
--merge-alleles w_hm3.snplist

./munge_sumstats.py \
--sumstats pgc.scz.full.2012-04.txt \
--N 17115 \
--out scz \
--merge-alleles w_hm3.snplist

这个运行之后数据量太大卡死

解决：

第二个参考链接就是解决办法，加入 –chunksize 500000分块读取，具体代码

./munge_sumstats.py \
--sumstats pgc.bip.full.2012-04.txt \
--N 11810 \
--out bip \
--merge-alleles w_hm3.snplist \
--chunksize 500000