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RSS订阅原创 sav格式数据用R读入，日期出现错误——一个坑
然而，问题就在于，当初把数据库拿来的时候，别人用的SPSS版本跟我的不一致。老版本的软件数据录入以后，在新版本打开看是没问题的，转存的时候出现了解码错误。反而是更麻烦的，因为一旦存在csv，所有变量都变成了“常规”。数据是sav格式的，为此，现下载了一个spss。网上的教程说的是SPSS和R的起始时间不一致，有的说用haven包更合适。这些个软件，用到具体功能的时候也体会不到它更新了什么，倒是出bug的时候发现了它的存在。正常人打开数据第一件事当然是核对数据了，我是个正常人，就是数据有点不正常。
2024-04-13 18:48:30
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原创 gtsummary包——保存结果
这么反复墨迹的事情，太不适合我这种没有耐心的粗人了。不如直接导入word吧，反正也得用word展示，为啥费那劲。非得做成excel，直接从word粘过去不香么。这不是一个好的idea，因为可能需要进一步调参，这使得现成的教程不适合自己。不过，倒是可以提供一个解决问题的办法。gtsummary包可以直接把结果保存为word版，其实是相当便利的。但是有的大佬可能喜欢保存为excel或者csv进一步编辑。毕竟，有了初步的结果，大不了去表格里继续修改。优点： “≤”这样的特殊符号能正确显示了。
2023-10-03 11:24:53
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原创 ERROR: dependency ‘rsnps‘ is not available for package ‘mr.raps‘
安装mr.raps包
2023-08-09 23:37:15
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原创 把R脚本挂后台运行之后要做的事情
所以只能选择把命令挂后台，试图让大度的ubuntu帮助无知可怜的我。2.检查一下nohup.log看是否有报错，如果没有，甚至显示了一部分脚本内容，也能说明脚本正在执行。如果所有的 nohup 的日志都会存在 nohup.log 里，如果以前有过后台挂起任务，接着写日志。所以，为了把自己的工作整理得清楚明白，这是一个锦上添花，但不是非做不可的事情：将日志重定向到自己指定的文件。以前我认为检查是可以做的，现在认为这是必须做的。挂后台以后，一定要检查一下R脚本是否已经在运行，因为可能会遇到。
2023-06-27 09:43:49
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原创 Error: C stack usage is too close to the limit——R语言
跑孟德尔随机化，第一次出现栈溢出是处理UKBB数据，5+G的数据，溢出了可以理解，这次才读入700M的暴露，就出现报错这必须是哪里了问题。脚本之前用来读1+G的暴露都没有压力的。
2023-06-26 22:51:05
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原创 孟德尔随机化——踩一个大家都没踩过的坑
一路坎坎坷坷搞代码，搞数据，终于到了收割成果的时候。发现为什么我的F值算出来，不同的SNP，F值居然一样。此次研究，我用的前人研究的数据，为Excel。（废话的了，GWAS数据都是前人数据好的么）那么每个SNP的EAF、β、SD都不一样。公式中，一项研究确定了入组SNP后，N和K就是已知常量了。那么公式中的未知的就是。源数据是从前人研究中找来的，也不会有问题。真是有一种经过惊涛骇浪不死，阴沟里翻船的感觉。数据读取是自动化操作的，没有人为干预过程。不同的SNP的F值是否应该一样？那么，问题就出在源头数据上。
2023-04-20 11:02:56
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原创 安装BiocManager::install(“MungeSumstats“)报错
安装BiocManager::install("MungeSumstats")报错
2023-03-16 22:00:30
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原创 R语言报错：gzip: GCST90132674_buildGRCh37.txt.gz: unexpected end of file
R语言报错：gzip: GCST90132674_buildGRCh37.txt.gz: unexpected end of file
2023-01-20 18:51:31
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nhanesR包（付费）学习笔记
2023-09-01
空空如也
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