CentOS 6 的集群上安装R

最近在使用R解一个常微分方程组，但是在自己的机子上算实在是太慢了，而且太吃内存了，于是准备装在集群服务器上。

集群服务器：CentOS 6.5
gcc： 4.4.7
服务器上1个管理节点，17个计算节点。
/share目录下全部都是所有节点共享的
home目录也在/share下面
家目录就是/share/home/Litedg
我用的是tcsh，若是用的bash就将环境的语法改一下就好。

目前R版本已经更新到了3.6.3，那就直接装最新的吧！
试着更新了yum源，可以用yum装R3.5.2。但是后面又陆陆续续出了乱七八糟的错误。

gcc就装到 /share/home/Litedg/Program/gcc-4.8.5 中
R就装到 /share/home/Litedg/Program/R-3.6.3 中
R的一些依赖库文件就装到 /share/home/Litedg/Program/R_requires 中

安装gcc

安装gcc很重要。CentOS 6.5 默认的是gcc-4.4.7，但是如果安装完R后，在装一些新的包很有可能会报错。诸如什么CXX11没有指定BlahBlah的。因而最好先将gcc更新上来，不然后面装R包的时候还是会有问题。而先装R再升gcc并不能解决问题。

准备文件gcc及相关库文件

下载gcc-4.8.5并上传至服务器

http://ftp.gnu.org/gnu/gcc/gcc-4.8.5/

tar -jxvf gcc-4.8.5.tar.bz2

或

tar -zxvf gcc-4.8.5.tar.gz

准备gmp、mpfr和mpc

如果服务器可以联网的话，用.contrib/download_prerequisites即可。（可能会略微有些慢）

cd gcc-4.8.5
.contrib/download_prerequisites //自动下载、安装所需要的gmp、mpfr、mpc等包

不能联网的话就要去下载gmp-4.3.2.tar.gz、mpfr-2.4.2.tar.gz、mpc-0.8.1.tar.gz，上传和安装。
ftp://gcc.gnu.org/pub/gcc/infrastructure/gmp-4.3.2.tar.gz
ftp://gcc.gnu.org/pub/gcc/infrastructure/mpfr-2.4.2.tar.gz
ftp://gcc.gnu.org/pub/gcc/infrastructure/mpc-0.8.1.tar.gz
上传至gcc-4.8.5目录下即可。

这几个包都是在gcc-4.8.5目录下直接解压，并且做一个软连接即可。

tar -zxvf gmp-4.3.2.tar.gz
ln –sf gmp-4.3.2 gmp
tar -zxvf mpfr-2.4.2.tar.gz
ln –sf mpfr-2.4.2 mpfr
tar -zxvf mpc-0.8.1.tar.gz
ln –sf mpc-0.8.1 mpc

添加动态库文件路径

随后要将这gmp、mpfr、mpc三个目录加到动态库文件路径中

setenv LD_LIBRARY_PATH "/share/home/Litedg/Program/gcc-4.8.5/gmp:/share/home/Litedg/Program/gcc-4.8.5/mpfr:/share/home/Litedg/Program/gcc-4.8.5/mpc:${LD_LIBRARY_PATH}"

编译、安装gcc

建立编译后存放文件

cd /share/home/Litedg/Program/gcc-4.8.5
mkdir gcc-build-4.8.5

生成Makefile
这里非常值得注意的一点是，很多教程在enable-languages中只写了c,c++。但是以我的经验这样会导致有时候gfortran的版本低，所以这个地方的languages一定要写全。建议先用 gcc -v看一下系统自己的gcc都有哪些语言，然后再改一下。
我的系统中有个ada，但是.configure时加上ada就过不去，所以就去掉了。所幸对后面的R安装没有什么影响。但是第一次只写了c,c++。就在后面安装R的时候以及安装R包出错了。

cd gcc-build-4.8.5
../configure --prefix