生信分析序列处理常用函数
生信分析经常需要对序列进行处理,下面的实现代码可用于个人练习,可以让我们更好地理解序列处理的原理,当然python也有更高效率的包可以实现以下功能。
- read_seq_file 读取序列txt文件函数
- count_nucletotides 计算各核苷酸数量函数
- dna2rna DNA序列转RNA序列函数
- seq_reverse DNA序列转换为互补序列函数
- count_GC_ratio 计算序列的GC含量
import os
# 读取DNA或RNA序列的txt文件
def read_seq_file(file_path):
seq = ""
if file_path.endswith(".txt"