Admixtools软件学习使用（二）

输入文件及Convertf程序

F3和F4统计输入文件必须是EIGENSTRAT格式，我们的数据通常都是PLINK格式，所以首先需要使用软件自带的convertf进行格式转换。

参考网址：Input File Formats and Conversion Program | David Reich Lab (harvard.edu)

这里就以示例文件PED格式为例。

一、输入文件

进入convertf目录，查看par.PED.EIGENSTRAT，可以看到输入文件和输出文件名。

genotypename:    example.ped
snpname:         example.pedsnp # or example.map, either works 
indivname:       example.pedind # or example.ped, either works
outputformat:    EIGENSTRAT
genotypeoutname: example.eigenstratgeno
snpoutname:      example.snp
indivoutname:    example.ind
familynames:     NO

可以分别查看example的这些文件内容，首先ped文件我们都有，example.pedsnp文件可以使用我们的map后缀的文件，这里我们需要手动建立pedind文件。

pedind示例文件包含了6列:

第一列：family ID

第二列：sample ID

第三列和第四列：父母的sample ID （没有就用0代替）

第五列：性别，1代表male，2代表female，U代表未知

第六列：设定分组，可以设定为case/control、traits value、group labels

二、convertf运行

将par.PED.EIGENSTRAT替换成自己数据的文件名，可添加文件路径

../bin/convertf -p par.PED.EIGENSTRAT

就会得到三个输出文件啦。

SNP数量越多，运行时间会越长。我的数据接近14M，运行时间160分钟。

关于输入文件的质控，即maf、LD prune的质控与否对后续分析结果的影响，可以做个对比分析。

今天暂且到这~