R语言学习之R程序包安装

本文介绍了R语言中程序包的基本操作,包括如何安装、加载、卸载包,以及查看包信息。重点讲解了从CRAN、Bioconductor和Github三个来源获取生物信息分析常用的R包,并给出了具体安装命令。
摘要由CSDN通过智能技术生成

R实际是通过命令操作软件,命令实际是在调用函数。

R包是R函数、数据、预编译代码以一种定义完善的格式组成的集合,包括R程序,运行该程序的其他语言(比如Java/C/Fortran),解释这个程序功能、方法的帮助文档,例子、测试数据等。

只有当一个包被载入时,它的内容才可以被访问。一些常用、基本的程序包已经被收入了标准安装文件中,R安装好之后就可以使用,包括base、methods、datasets、utils、grDevices、graphics、stats。随着新的统计分析方法的出现,即便标准安装文件中所包含的程序包也随着版本的更新而不断变化。所以程序包的操作是基础。

一、程序包操作的基本命令

1、安装包:

  • 安装包的基本命令
install.packages("*package_name*","*dir*")

package_name:要安装的R包的名称,R严格区分大小写。
dir:包安装的路径。默认R安装的文件夹下的library文件夹中。

默认安装最新版的。安装包的过程中如果需要引用到关联R包,也会自动安装。

  • 多个包可以通过一个数组来安装
install.packages(c("package 1","package 2",···)
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