【机器学习】基于3D CNN通过CT图像分类预测肺炎

最新推荐文章于 2025-04-01 23:02:41 发布

MUKAMO

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分类专栏： AI Python应用文章标签：机器学习深度学习人工智能神经网络 3D CNN

本文链接：https://blog.csdn.net/MUKAMO/article/details/139595310

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1. 引言

1.1. 研究背景

在医学诊断中，医生通过分析CT影像来预测疾病时，面临一些挑战和局限性：

图像信息的广度与复杂性：
CT扫描生成的大量图像对医生来说既是信息的宝库也是处理上的负担。每组CT数据可能包含数百张切片，医生必须迅速审阅这些图像，以便捕捉到病变的微小细节。这种庞大的信息量要求医生在有限的时间内做出精准诊断，但同时也增加了漏诊或误诊的风险。部分容积效应也可能模糊小病变的边界，使得准确诊断变得更加困难。
技术局限与诊断的主观性：
CT技术虽然在疾病检测方面具有显著优势，但仍有其固有的技术限制。一些复杂的生物结构或病变细节可能在CT图像中不够清晰，限制了疾病的准确诊断。此外，诊断过程在很大程度上依赖于医生的专业技能和经验。不同的医生对同一组CT影像的解读可能存在差异，这种主观性可能导致诊断结果的波动。

通过在CT片识别过程中，增加人工智能的模型判定，甚至是将2D的图片变换为3D结构，并进行主动的识别和判定，有利于提高CT的使用效果和效率，

1.2. 3D CNN简介

3D CNN（三维卷积神经网络）是一种特殊的卷积神经网络，主要用于处理三维数据，如医学影像中的CT扫描、MRI图像，或是视频流等。

1.2.1. 数据处理

输入数据：与2D CNN主要处理二维图像（如RGB图片）不同，3D CNN的输入数据是三维的，例如，它可以是一个立方体形状的像素块，其中包含了深度（depth）、高度（height）和宽度（width）三个维度。
通道数：与2D CNN相似，3D CNN也考虑通道数（c），这通常对应于数据的颜色通道（对于彩色图像）或其他特性。

1.2.2. 卷积操作

3D卷积核：3D CNN的核心是其3D卷积操作。3D卷积核的尺寸可以表示为 k_h × k_w × k_d，其中k_h、k_w和k_d分别是卷积核在高度、宽度和深度方向上的大小。
特征提取：通过滑动3D卷积核与输入数据进行卷积操作，可以提取出三维空间中的特征。这种操作对于处理3D图像或视频数据特别有效，因为它能够同时考虑空间和时间（或深度）维度上的信息。

1.2.3. 网络结构

卷积层：3D CNN包含多个卷积层，每个卷积层使用多个3D卷积核对输入数据进行处理，生成一系列特征图（或称为激活图）。
池化层：类似于2D CNN，3D CNN也包含池化层，用于减少数据的空间维度和计算量。常用的池化方法包括最大池化、平均池化等。
全连接层：在卷积层和池化层之后，3D CNN通常包含全连接层，用于将提取的特征映射到输出层，以进行分类或回归等任务。

1.2.4. 特性与优势

丰富的信息：由于能够同时处理三维空间中的信息，3D CNN能够提取出更丰富的特征，这对于处理3D图像或视频数据特别重要。
更好的性能：在一些应用中，如医学影像分析、视频动作识别等，3D CNN的性能往往优于2D CNN，因为它能够更准确地捕捉三维空间中的结构和运动信息。
计算成本高：然而，由于需要处理三维数据，3D CNN的计算成本通常比2D CNN更高，需要更多的计算资源和时间。

1.2.5. 应用场景

医学影像分析：用于肿瘤检测、器官分割等任务。
视频分析：用于动作识别、场景理解等任务。
3D建模与识别：在虚拟现实、增强现实等领域有广泛应用。

1.3 3D CNN应用于CT识别现状

随着深度学习技术的快速发展，3D CNN在医学影像分析领域的应用越来越广泛，特别是在CT识别方面。CT图像作为一种三维的医学影像数据，具有丰富的空间信息，对于疾病的诊断和治疗具有重要意义。因此，利用3D CNN进行CT图像的识别和分析具有重要的应用价值。

1.3.1.应用现状

疾病诊断与检测

肺部疾病：3D CNN在肺部CT图像识别中取得了显著成果，如肺结节、肺癌等疾病的检测。通过训练3D CNN模型，可以自动提取CT图像中的特征，实现疾病的准确诊断。
其他器官疾病：除了肺部疾病外，3D CNN还可以应用于其他器官的CT图像识别，如肝脏、肾脏等。这些应用同样展示了3D CNN在医学影像分析领域的潜力。

器官分割与重建

器官分割：3D CNN可以用于CT图像中的器官分割任务，如心脏、血管等。通过训练模型，可以自动识别并分割出CT图像中的目标器官，为医生提供准确的诊断依据。
三维重建：基于CT图像的器官三维重建是医学影像分析的重要任务之一。3D CNN可以用于提取CT图像中的特征，生成高质量的三维重建模型，为医生提供更直观、更全面的诊断信息。

技术进展与优势

性能提升：相比传统的二维图像处理技术，3D CNN能够更好地利用CT图像的三维空间信息，提高识别准确率。同时，随着计算能力的提升和深度学习框架的优化，3D CNN的性能也在不断提升。
泛化能力：3D CNN模型具有较强的泛化能力，可以在不同的CT数据集上进行训练和测试，并取得较好的识别效果。这使得3D CNN在医学影像分析领域具有广泛的应用前景。

3D CNN在CT识别领域的应用已经取得了一定的成果，但仍面临一些挑战和问题，如数据标注困难、计算资源消耗大等。未来，随着技术的不断发展和优化，相信3D CNN在医学影像分析领域的应用将更加广泛和深入。同时，也需要加强跨学科合作，共同推动医学影像分析技术的发展和应用。

1.4 研究内容

本文旨在探讨利用3D卷积神经网络（3D CNN）对CT图像进行肺炎分类预测的方法。文章首先介绍了肺炎的诊断重要性、传统方法的局限，以及3D CNN在医学图像分析中的优势。接着，详细阐述了3D CNN的基本原理、数据预处理流程、模型架构设计，以及训练和评估策略。

文章的核心部分展示了3D CNN模型在CT图像肺炎检测中的性能，通过准确率、召回率等指标对模型进行了全面评估。此外，通过案例分析，讨论了模型的有效性和潜在的误诊情况，并探讨了提高模型泛化能力和减少误诊的途径。

最后，文章总结了3D CNN在肺炎检测中的潜力，指出了当前方法的局限性，并对未来的研究方向提出了建议。这包括进一步优化模型结构、探索更大的数据集，以及推动3D CNN在临床实践中的应用。通过这些研究，有望提高肺炎的早期诊断率，为患者提供更及时的治疗。

2. 3D CNN模型识别CT图像过程

2.1. 设置

# 导入os模块，用于操作文件和目录
import os
# 导入zipfile模块，用于读取和写入ZIP压缩文件
import zipfile
# 导入numpy库，一个用于科学计算的Python库
import numpy as np
# 导入tensorflow库，用于深度学习模型的构建和训练
import tensorflow as tf

# 从tensorflow.keras子模块导入keras库，用于构建深度学习模型
from tensorflow.keras import layers

# 注意：在TensorFlow 2.x版本中，可以直接使用tensorflow.keras代替旧版本的keras

代码主要是导入Python编程中常用的一些库，用于后续的数据处理、模型构建和训练等操作：

os：用于操作文件系统，例如文件路径的拼接、目录的遍历等。
zipfile：用于创建、读取或写入ZIP文件。
numpy：一个强大的科学计算库，用于处理多维数组和矩阵。
tensorflow：一个开源机器学习库，用于构建和训练深度学习模型。
keras：一个高层神经网络API，可以在TensorFlow之上使用，简化了模型的构建过程。

2.2. 数据预处理

在深入探讨深度学习在医学图像分析中的应用时，MosMedData: Chest CT Scans with COVID-19 Related Findings数据集为我们提供了一个宝贵的机会。这个数据集包含了大量具有COVID-19相关肺部异常的CT扫描图像，同时也包括了一些没有此类异常的图像。通过对这些数据的利用，我们可以训练出能够准确识别病毒性肺炎的深度学习模型。

在本案例中，我们将重点关注该数据集的子集，利用这些CT扫描图像及其相应的放射学诊断标签来构建一个3D卷积神经网络（3D CNN）分类器。该分类器的目标是对新的CT扫描图像进行预测，判断其是否显示出病毒性肺炎的迹象。这是一个典型的二元分类问题，其中标签是二进制的：存在病毒性肺炎（阳性）或不存在（阴性）。

为了实现这一目标，我们首先需要下载并预处理MosMedData的子集。这通常包括将CT扫描图像转换为模型可以处理的格式（如NumPy数组），并对其进行必要的归一化或标准化处理。此外，我们还需要将放射学诊断标签转换为模型可以理解的数值形式（如0和1）。

一旦数据准备就绪，我们就可以开始构建和训练3D CNN模型了。这个过程通常涉及选择适当的网络架构（如ResNet、VGG等），并调整其参数以适应我们的任务。在训练过程中，我们将使用带有标签的CT扫描图像来优化模型的参数，使其能够尽可能准确地预测新的、未见过的CT扫描图像中是否存在病毒性肺炎。

通过精心设计和训练，我们的3D CNN模型将能够成为医生的有力工具，帮助他们更快速、更准确地诊断病毒性肺炎。这不仅有助于提高诊断效率，还可以减少因误诊或漏诊而给患者带来的潜在风险。因此，利用深度学习技术来处理和分析医学图像数据具有重要的现实意义和应用前景。

2.2.1. 下载数据集

import os
import zipfile
from tensorflow import keras

# 定义正常CT扫描图像的下载链接
url_normal = "https://github.com/hasibzunair/3D-image-classification-tutorial/releases/download/v0.2/CT-0.zip"
# 定义下载后文件的存储路径
filename_normal = os.path.join(os.getcwd(), "CT-0.zip")
# 使用keras的get_file函数下载文件
keras.utils.get_file(filename_normal, url_normal)

# 定义异常CT扫描图像的下载链接
url_abnormal = "https://github.com/hasibzunair/3D-image-classification-tutorial/releases/download/v0.2/CT-23.zip"
# 定义下载后文件的存储路径
filename_abnormal = os.path.join(os.getcwd(), "CT-23.zip")
# 使用keras的get_file函数下载文件
keras.utils.get_file(filename_abnormal, url_abnormal)

# 创建一个目录用于存储下载的数据
os.makedirs("MosMedData")

# 解压"CT-0.zip"文件到"MosMedData"目录
with zipfile.ZipFile(filename_normal, "r") as z_fp:
    z_fp.extractall("./MosMedData/")

# 解压"CT-23.zip"文件到"MosMedData"目录
with zipfile.ZipFile(filename_abnormal, "r") as z_fp:
    z_fp.extractall("./MosMedData/")

代码的主要功能是下载和解压CT扫描图像数据集，用于后续的3D图像分类任务。关键步骤包括：

定义正常和异常CT扫描图像数据集的下载链接。
使用keras.utils.get_file函数下载数据集到当前工作目录。
创建一个名为"MosMedData"的新目录，用于存储解压后的CT扫描图像数据。
使用zipfile.ZipFile对象打开下载的ZIP文件，并调用extractall方法将文件解压到指定目录。

请注意，代码中的os.getcwd()函数获取当前工作目录的路径，os.makedirs用于创建新目录，如果目录已存在，则不会抛出错误。keras.utils.get_file函数会自动处理文件的下载和保存，如果文件已存在则不会重新下载。

2.2.2. 数据加载

数据加载与预处理是机器学习项目中的一个重要环节，特别是对于医学影像数据如CT扫描。在这个案例中，我们将处理以Nifti格式（.nii扩展名）提供的CT扫描文件。为了读取这些文件，我们将使用nibabel库，这是一个专门用于处理医学图像格式的Python库。

首先，我们需要确保安装了nibabel库，这可以通过在Python环境中运行pip install nibabel命令来实现。

CT扫描存储的原始数据是体素的强度，通常用Hounsfield单位（HU）表示。在这个数据集中，HU值的范围从-1024（代表空气）到超过2000（代表致密组织如骨骼）。由于我们主要关注肺部区域，而骨骼的HU值通常超过400，因此我们将400作为上限来排除骨骼等无关组织。

为了进行有效的模型训练，我们需要对数据进行预处理。以下是预处理的步骤：

方向校正：首先，我们将所有CT扫描的体积旋转90度，以确保它们具有一致的方向。这有助于模型在训练时更容易地识别特征。
HU值缩放：接下来，我们将HU值缩放到0到1的范围内。这是因为大多数深度学习模型都期望输入数据在相同的尺度上，缩放可以确保模型能够更有效地学习特征。
尺寸调整：由于CT扫描的体积可能具有不同的尺寸（宽度、高度和深度），我们需要将它们调整到相同的尺寸，以便能够批量处理。这通常涉及插值技术，如最近邻插值或双线性插值。

为了实现这些预处理步骤，我们将定义一些辅助函数。这些函数将处理单个CT扫描文件，并将它们转换为模型可以接受的格式。当构建训练和验证数据集时，我们将使用这些函数来批量处理数据。

通过预处理步骤，我们可以确保模型能够充分利用CT扫描中的信息，并有效地学习区分具有COVID-19相关肺部异常的图像和正常图像的特征。

import nibabel as nib  # 用于读取和处理NIfTI格式的医学图像文件
from scipy import ndimage  # 用于图像的变换和滤波

def read_nifti_file(filepath):
    """读取并加载NIfTI文件"""
    # 使用nibabel加载NIfTI文件
    scan = nib.load(filepath)
    # 获取文件的原始数据
    scan = scan.get_fdata()
    return scan

def normalize(volume):
    """对图像数据进行归一化处理"""
    # 设置最小和最大阈值
    min_val = -1000
    max_val = 400
    # 将低于最小阈值的数据设置为最小阈值
    volume[volume < min_val] = min_val
    # 将高于最大阈值的数据设置为最大阈值
    volume[volume > max_val] = max_val
    # 进行归一化
    volume = (volume - min_val) / (max_val - min_val)
    # 转换数据类型为float32
    volume = volume.astype("float32")
    return volume

def resize_volume(img):
    """对图像数据的Z轴进行重新采样"""
    # 设置期望的尺寸
    desired_depth = 64
    desired_width = 128
    desired_height = 128
    # 获取当前图像的尺寸
    current_depth = img.shape[-1]
    current_width = img.shape[0]
    current_height = img.shape[1]
    # 计算缩放比例
    depth_factor = current_depth / desired_depth
    width_factor = current_width